법인 합병·분할은 상법 제522조(합병계약서)·제530조의2(분할계획서)·제527조의5(채권자 이의제출 1개월 이상)·제434조(주주총회 특별결의 3분의 2 이상)에 따른 사업 재편 절차이고, 적격합병·적격분할(법인세법 제44조·제46조, 대가 중 주식 80% 이상·근로자 80% 이상 승계·사업 계속 등) 요건을 모두 충족하면 피합병·분할법인 양도손익과 주주 의제배당(소득세법 제17조 제2항 제4호·제6호)이 과세이연된다.

법인 합병·분할은 상법 제522조(합병계약서)·제530조의2(분할계획서)에 따라 회사의 구조를 근본적으로 바꾸는 사업 재편 절차다. 합병은 "두 법인이 하나로 합쳐지는 절차", 분할은 "한 법인이 둘 이상으로 나뉘는 절차"다.

유형은 다음과 같이 나뉜다.

합병:
- 흡수합병 (한 법인이 다른 법인 흡수, 한쪽 유지·한쪽 소멸)
- 신설합병 (두 법인 모두 소멸 + 새 법인 신설)

분할:
- 인적분할 (주주들이 양사 모두 주주)
- 물적분할 (모회사가 신설 자회사 100% 보유)

합병의 목적:
- 시너지 효과 (시장·자원·인력 통합)
- 시장 점유율 확대
- 비용 절감
- 경쟁력 강화

분할의 목적:
- 위험 분산
- 사업 영역별 분리
- 외부 투자 유치 용이
- 가업 승계 준비

절차 복잡도:
- 합병: 약 6~12개월
- 분할: 약 4~8개월
- 비용: 약 500만~수억원 (회사 규모에 따라)

이 글에서는 합병·분할의 종류·절차·세금·주주 권리·임직원 처리를 모두 정리합니다.

핵심 요약:
- 합병 종류: 흡수합병 vs 신설합병
- 분할 종류: 인적분할 vs 물적분할
- 원칙적으로 주주총회 특별결의 (출석 의결권 3분의 2 이상 + 발행주식총수 3분의 1 이상, 간이·소규모합병 예외)
- 합병·분할합병은 채권자 보호 절차 필수 (1개월 이상 이의제출 기간)
- 세금: 소멸·분할법인 양도손익 법인세 + 주주 의제배당 (적격합병·적격분할이면 과세이연)
- 합병은 임직원 포괄 승계, 분할은 분할계획서에 따른 승계

합병의 두 종류.

[흡수합병 (Absorption Merger)]
- 한 법인(A)이 다른 법인(B)을 흡수
- A는 그대로 유지, B는 소멸
- A가 B의 모든 자산·부채 인수
- B의 주주는 A의 주식 받음

장점:
- 절차 비교적 단순
- A의 등기·사업자등록 유지
- A의 거래처·고객 유지

단점:
- B의 정체성 소멸
- B의 주주는 A의 주주가 됨 (지분 희석)

예시: 법인 A (자본금 5억) + 법인 B (자본금 2억) → 흡수합병
- A가 B 흡수
- A 자본금 7억
- B 주주는 A 주주가 됨 (B 지분 2억 / A+B 7억 = 약 28%)
- A 등기·사업자등록 유지

[신설합병 (Consolidation Merger)]
- 두 법인(A·B)이 모두 소멸
- 새 법인(C) 신설
- C가 A·B의 모든 자산·부채 인수
- A·B 주주는 C의 주식 받음

장점:
- 새 정체성 (브랜드 리셋)
- 양사 평등 합병
- A·B 간 우열 없음

단점:
- 절차 복잡
- C 신설 등기·사업자등록 (시간·비용)
- 거래처·고객 안내 필요

예시: 법인 A·B 모두 소멸 + 법인 C 신설
- C 자본금 = A + B = 7억
- A·B 주주는 C 주주가 됨
- C 등기·사업자등록 신규

선택 가이드:
- A가 더 큼·강함: 흡수합병 (A가 B 흡수)
- A·B 비슷함: 신설합병 (양사 평등)
- 브랜드 유지: 흡수합병
- 새 시작: 신설합병

합병 시 시너지 평가:
- 매출 시너지 (교차 판매)
- 비용 시너지 (중복 제거)
- 자원 시너지 (인력·기술·시장)
- 시장 점유율 확대

실제 합병 사례:
사례 1: IT 회사 A (매출 10억) + 디자인 회사 B (매출 3억) 흡수합병
- A가 B 흡수
- 합병 후 매출 13억
- 시너지: A 고객에게 B 디자인 서비스 + B 고객에게 A IT 서비스
- 시장 점유율 확대

사례 2: 컨설팅 회사 A (매출 5억) + 컨설팅 회사 B (매출 5억) 신설합병
- A·B 모두 소멸 + C 신설
- 합병 후 매출 10억
- 양사 평등 합병
- 새 브랜드 "AB컨설팅"

분할의 두 종류.

[인적분할 (Spin-off)]
- 한 법인(A)이 일부 사업을 분할
- 새 법인(B) 신설
- A의 주주들이 A·B 모두의 주식 보유
- A·B 모두 독립 법인

장점:
- 사업 영역별 분리 (위험 분산)
- 주주 권리 보호 (양사 모두 주주)
- 외부 투자 유치 용이
- 가업 승계 준비 (자녀별 분할)

단점:
- 절차 복잡
- 양사 운영 비용 (각 세무사·결산)
- 시너지 손실

예시: 법인 A (매출 10억, IT + 디자인) → 인적분할
- A: IT 사업 (매출 7억)
- B (신설): 디자인 사업 (매출 3억)
- A 주주들이 A·B 모두 주주

[물적분할 (Carve-out)]
- 한 법인(A)이 일부 사업을 분할
- 새 법인(B) 신설
- A가 B의 100% 주주 (자회사)
- B는 A의 자회사

장점:
- 모회사·자회사 구조 (지배 관계 명확)
- 자회사 별도 운영·매각 가능
- 자회사 외부 투자 유치 (지분 일부 매각)

단점:
- 모회사 주주는 자회사 직접 주주 X
- 모회사·자회사 거래 복잡
- 이중 세금 가능 (배당 시)

예시: 법인 A → 물적분할
- A: 본업 유지
- B (신설): 신사업 (A의 100% 자회사)
- A 주주는 A만 직접, B는 A를 통해 간접

선택 가이드:
- 사업 영역별 분리 + 주주 권리 보호: 인적분할
- 자회사로 분리 + 모회사 통제: 물적분할
- 외부 투자 유치 (자회사): 물적분할
- 가업 승계 (자녀별): 인적분할

실제 분할 사례:
사례 1: 컨설팅 회사 A → 인적분할
- A: 경영 컨설팅 (매출 5억)
- B (신설): 마케팅 컨설팅 (매출 3억)
- A 주주들이 A·B 모두 주주
- 사업 영역별 명확화 + 외부 투자 유치 용이

사례 2: 부동산 법인 A → 물적분할
- A: 부동산 보유
- B (신설): 임대 사업 (A의 100% 자회사)
- B 외부 투자 유치 (지분 30% 매각)
- A는 모회사로 통제 유지

합병과 분할 모두 비슷한 절차. 약 6~12개월.

[1단계: 사전 검토 (1~2개월)]
- 합병·분할 목적 명확화
- 시너지 또는 위험 분산 평가
- 양사 가치 평가
- 주주 동의 가능성

[2단계: 양사 협상 (1~2개월, 합병만)]
- 합병 조건 협상
- 합병 비율 (지분 비율)
- 합병 가격
- 임원 구조
- 본점
- 변호사 자문

[3단계: 합병·분할 계약서 (1주~2주)]
- 합병 계약서 또는 분할 계획서
- 양사 이사회 결의
- 변호사 검토

[4단계: 주주총회 결의 (각사)]
- 주주총회 특별결의 (3분의 2 이상)
- 합병·분할 안건
- 회의록 작성

[5단계: 채권자 보호 절차 (1개월 이상, 합병·분할합병)]
- 주주총회 결의일부터 2주 내 알고 있는 채권자에게 개별 최고
- 정관에 정한 방법으로 공고
- 채권자 이의 제기 기간 (1개월 이상, 상법 제527조의5)
- 이의 제기 시 변제 또는 담보 제공

[6단계: 합병·분할 등기 (1주~2주)]
- 합병 등기 신청 (관할 등기소)
- 분할 등기 신청
- 신설 법인 등기
- 변경 등기

[7단계: 사업자등록 변경 (1주)]
- 합병: 흡수 법인은 변경, 신설 법인은 신규
- 분할: 분할 법인 변경, 신설 법인 신규

[8단계: 자산·부채 이전 (1~2개월)]
- 자산 명의 변경 (부동산·차량·계약 등)
- 부채 인수
- 거래처 안내

[9단계: 임직원 처리 (1개월)]
- 임직원 자동 승계
- 근로계약 유지
- 4대 보험 명의 변경
- 임원 변경 (필요 시)

[10단계: 사후 정리 (1~3개월)]
- 합병 부가세·법인세 정산
- 거래처 안내 완료
- 새 사업 시스템 가동

총 소요 시간: 약 6~12개월

비용:
- 변호사 자문: 500~3,000만원
- 회계사·세무사 자문: 200~1,000만원
- 등기 비용 (합병·분할 등기): 100~500만원
- 감정평가사 (자산 평가): 200~1,000만원
- 합계: 약 1,000만원~수억원 (회사 규모에 따라)

코워크시티 법인설립지원센터는 법인설립 상담 접수·서류 전달·진행 관리를 맡고, 합병·분할 등기는 제휴 법무사가 직접 진행한다. 비용은 상담 시 안내한다. 가치 평가·세무 전략·계약서 검토·적격합병·적격분할 요건 판단은 고객이 변호사·공인회계사·세무사를 직접 선임해 자문을 받는 영역이다.

합병·분할 시 발생하는 세금과 주주 권리.

[세금]

합병 시 세금:
1. 피합병법인(B) 법인세
- B가 자산을 A에 양도한 것으로 보아 양도손익에 법인세 (법인세법 제44조 제1항)
- 적격합병이면 양도손익이 없는 것으로 보아 과세이연

2. B 주주 의제배당
- B 주주가 받은 A 주식·현금 가액이 B 주식 취득가액을 넘으면 그 차액은 배당소득(의제배당, 소득세법 제17조 제2항 제4호) — 양도소득세가 아님
- 적격합병 요건을 갖추면 받은 주식 부분은 과세가 이연됨

3. 적격합병 조건 (법인세법 제44조 제2항):
- 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간 합병
- 합병대가 중 합병법인 주식 80% 이상 + 주요 주주가 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유
- 합병법인이 그 사업연도 종료일까지 승계 사업 계속
- 피합병법인 근로자 80% 이상 승계·유지
→ 충족 시 양도손익·의제배당 과세이연

4. 부가세
- 합병에 따른 포괄 승계는 원칙적으로 부가세 과세대상이 아님

5. 등록면허세·취득세
- 흡수합병 존속법인은 합병으로 늘어난 자본금의 0.4%, 신설합병은 새 법인 자본금의 0.4%(최저 112,500원) + 지방교육세 20% (지방세법 제28조 제1항 제6호 가목), 소멸법인 해산등기는 건당 40,200원
- 대도시에서 설립 후 5년이 지난 법인끼리 합병하면 대도시 중과 제외(지방세법 시행령 제45조 제3항)
- 일반 합병등기의 등록면허세 감면은 없고, 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 사업재편계획 승인에 따른 법인등기는 50% 경감(지방세특례제한법 제57조의2 제8항, 2027년까지), 중소기업 간 적격합병 등으로 취득하는 사업용 재산은 취득세 경감(같은 조 제1항)

분할 시 세금:
1. 분할법인 법인세·주주 의제배당 (인적분할)
- 분할법인 양도손익에 법인세(법인세법 제46조 제1항), 주주가 받은 분할대가가 주식 취득가액을 넘으면 의제배당(소득세법 제17조 제2항 제6호)
- "적격분할" 충족 시 과세이연

2. 적격분할 조건 (법인세법 제46조 제2항):
- 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 법인이 독립된 사업부문을 분할하고 자산·부채를 포괄 승계
- 분할대가 전액 주식(분할합병은 80% 이상) + 주주가 사업연도 종료일까지 보유
- 분할신설법인이 사업연도 종료일까지 승계 사업 계속, 근로자 80% 이상 승계·유지
- 부동산임대업 주업 사업부문 등은 적격분할 제외(같은 조 제3항)
→ 충족 시 과세이연

3. 부가세·지방세
- 사업부문별 포괄 승계 분할은 재화의 공급으로 보지 않음(부가가치세법 시행령 제23조)
- 분할신설법인 설립등기는 자본금의 0.4%(최저 112,500원) 등록면허세, 적격분할로 취득하는 사업용 재산은 취득세 50% 경감(지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호, 2027년까지)

[주주 권리]

합병 시 주주 권리:
1. 의결권: 주주총회 특별결의 참여 (3분의 2 이상)
2. 반대 주주의 매수 청구권: 합병 반대 주주는 주주총회 전 서면으로 반대 의사를 통지한 뒤 결의일부터 20일 이내에 주식 매수 청구 가능(상법 제522조의3)
3. 합병 비율 협상: 양사 주주 간 협상

분할 시 주주 권리:
1. 의결권: 주주총회 특별결의 참여
2. 반대 주주의 매수 청구권: 분할합병인 경우에만 인정(상법 제530조의11 제2항), 단순분할에는 없음
3. 분할 비율 협상

반대 주주 매수 청구권:
- 합병·분할합병에 반대하는 주주
- 회사에 주식 매수 청구
- 매수 가격: 회사 가치 평가 기반
- 양사 합의 또는 법원 결정

[임직원 처리]

합병·분할 시 임직원 승계:
- 합병은 포괄 승계로 근로계약이 그대로 이어지고, 분할은 분할계획서에 정한 바에 따라 승계
- 4대 보험 자동 이전
- 급여·근속·휴가 등 권리 유지
- 근로계약 변경 동의 필요 시 별도

임직원이 거부할 수 있는 경우:
- 근로 조건 악화
- 사업장 이전 (출퇴근 불가)
- 직무 변경
→ 거부 시 퇴직 + 퇴직금 청구 가능

임원 처리:
- 흡수합병: A 임원 유지, B 임원 사임 (또는 A로 이동)
- 신설합병: 양사 임원 협의
- 분할: 분할 법인별 임원 결정

실제 사례:
사례 1: 적격합병 (과세이연)
- IT 회사 A (매출 10억) + 디자인 회사 B (매출 3억) 흡수합병
- 합병 비율: A 70% + B 30%
- 적격합병 조건 충족 → 양도손익 법인세·주주 의제배당 과세이연
- B 주주는 A 주주가 됨 (지분 30%)

사례 2: 인적분할 (적격분할)
- 컨설팅 회사 A → 인적분할 (경영 + 마케팅)
- 분할 비율: 7:3
- 적격분할 조건(5년 이상 사업·독립 사업부문·대가 전액 주식 등) 충족 → 과세이연
- A 주주는 A·B 모두 주주

결론:
합병·분할은 회사 구조의 근본적 변경이다. 시너지 또는 위험 분산 목적으로 활용되고, 적격합병·적격분할 요건(법인세법 제44조·제46조, 1년·5년 이상 사업·대가 중 주식 80% 이상·사업 계속·근로자 80% 승계)을 모두 충족하면 피합병·분할법인 양도손익과 주주 의제배당이 과세이연된다. 등기만 끊고 끝나는 절차가 아니라 가치 평가·세무 전략·계약서 검토가 핵심이다. 코워크시티 법인설립지원센터는 법인설립 5단계 절차 안내와 비상주 사무실을 제공하고, 등기는 제휴 법무사·세무기장은 제휴 세무법인이 직접 맡는다. 합병·분할 등기 자체는 패키지 가격 외 추가 수수료 0원이고, 가치 평가·세무 전략·법적 자문은 고객이 변호사·공인회계사를 직접 선임한다. 출처: www.law.go.kr(상법·법인세법·지방세법·지방세특례제한법)·www.nts.go.kr.

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2026년 4월 26일 작성 / 2026년 10월 13일 최종 업데이트 / 코워크시티 법인설립지원센터