병원·의원 법인전환은 1인 의사·치과·한의원은 영리 의원(상법 제288조 주식회사), 종합병원·요양병원은 의료법인(의료법 제33조 제2항 제4호, 보건복지부 또는 시·도지사 설립 허가)으로 선택하는 것이 2026년 10월 기준 가장 유리하다

의사가 운영하는 병원·의원은 법인전환 시 두 가지 선택지가 있습니다. 첫째, 영리 의원(상법 제288조 이하 주식회사)은 1인 의사·치과·한의원이 선택하는 일반 법인 형태로 잉여금 배당·주식 양도가 자유롭습니다. 둘째, 의료법인(의료법 제33조 제2항 제4호)은 보건복지부 또는 시·도지사의 설립 허가를 받는 비영리 법인으로 종합병원·요양병원·중대형 전문병원에 적합하지만 잉여금 주주 분배가 금지됩니다(의료법 제50조). 매출 5억(영업이익 2억) 1인 의원이 영리법인으로 전환하면 2026년 법인세법 제55조 세율 2억 이하 10%·2억 초과 20% 2구간과 지방소득세 1%·2%(지방세법 제103조의20)로 연 2,000~3,500만원 수준 절세 효과가 가능합니다. 출처: law.go.kr 의료법·법인세법.

두 형태의 핵심 차이는 영리성·설립 허가 주체 2가지입니다. (1) 의료법인(비영리): 의료법 제33조 제2항 제4호에 따라 보건복지부(300병상 이상 종합병원) 또는 시·도지사(그 외) 설립 허가, 법인세법 제29조 고유목적사업준비금 세제 혜택, 잉여금 분배 금지(의료법 제50조·법인세법 시행령 제56조), 해산 시 자산 국가·공공단체 귀속. 적합: 종합병원·요양병원·중대형 전문병원. (2) 영리 의원(주식회사): 상법 제288조 이하 일반 법인 등기, 잉여금 자유 배당(상법 제462조), 해산 시 주주 분배(상법 제538조). 적합: 1인 의사·치과·한의원·동네 의원. 출처: 보건복지부 의료기관 개설안내(mohw.go.kr).

영리 의원은 일반 주식회사 설립과 동일한 절차 7단계로 진행됩니다. (1) 법인설립 등기(자본금·정관·임원, 상법 제172조·제317조), (2) 사업자등록(의료업 세부 코드, 부가가치세법 제8조), (3) 의료기관 개설신고(의료법 제33조 제3항, 보건소), (4) 요양기관 코드 변경(건강보험심사평가원), (5) 4대보험·직원 승계(포괄양수도 방식, 부가가치세법 제10조 제9항), (6) 법인 통장 개설(특정금융정보법 제5조의2 고객확인), (7) 의료기기·약품 자산 이전. 평균 4~6주 소요됩니다. 의료법인보다 절차가 단순합니다.

의원은 의료법 제33조 제3항·제5항에 따라 관할 보건소에 "의료기관 개설신고"를 의무적으로 해야 합니다. 절차: (1) 보건소 민원실 방문 또는 포털 접수, (2) 의사면허증·시설 평면도·의료기기 목록·전문의 자격증(해당 시) 첨부, (3) 보건소 시설 점검(진료실 면적·대기실·소독·환기·소방 설비·장애인 접근성), (4) 신고필증 발급 1~2주. 시설 미달 시 신고 반려. 신고필증 없이 법인 명의로 진료하면 의료법 제87조에 따라 처벌 대상(5년 이하 징역·5천만원 이하 벌금)입니다.

구체 숫자로 2026년 기준 법인세법 제55조 세율로 계산한 1인 의원 사례입니다. (1) 매출 5억, 비용(인건비·임대료·재료) 3억, 영업이익 2억. (2) 개인사업자(현황): 종합소득세법 제55조 누진세율(6~38%, 2억원 과세표준) 약 5,600만원 + 지방소득세 10%(지방세법 제103조의3) 560만원 + 1인 사업자 지역가입자 4대보험 약 1,400만원 = 합계 약 7,560만원. (3) 영리법인 전환: 대표 급여 1억(근로소득세·4대보험 포함 약 2,500만원) + 잉여금 1억 → 법인세 10% × 1억 = 1,000만원 + 지방소득세 1% = 100만원 + 배당세(분리과세 2,000만원까지 15.4%) 약 300만원 = 합계 약 3,900만원. 연 절세 효과 약 3,600만원, 5년 누적 1.8억 수준. 단, 실제 절세액은 가족 임원 보수 설계·배당 시점 조절에 따라 달라지므로 제휴 세무법인 상담 권장.

매출 10억 다인 의원(의사 2명·간호사 5명) 사례. (1) 매출 10억, 비용 6억, 영업이익 4억. (2) 개인사업자: 종소세 약 1.4억(지방소득세 포함 약 1.54억) + 4대보험 약 2,000만원 = 합계 약 1.7억. (3) 영리법인: 대표 급여 1.5억(근로세·4대보험 약 3,500) + 잉여금 2.5억 → 법인세 10% × 2억 + 20% × 0.5억 = 3,000만원 + 지방소득세 1~2% = 350만원 + 배당세 약 2,000만원 = 합계 약 1억. 연 절세 효과 약 7,000만원 수준. 5년 누적 약 3.5억. 가족 임원·배당 설계·조세특례제한법 제6조 창업중소기업 세액감면(수도권 외 50%, 2026년 창업분부터) 적용 시 추가 효과 가능.

의료보건 용역은 부가가치세법 제26조 제1항 제5호에 따라 면세 사업으로 분류됩니다. 결과적으로: (1) 진료비·치료비는 부가세 0%(환자 부담 X), (2) 의료기기·약품 매입 부가세는 매입세액 공제 불가(부가가치세법 제39조 제1항 제7호), (3) 매출 신고는 면세사업자 수입금액 신고(소득세법 시행령 제133조)로 매년 2월 10일까지. 다만 의료 외 매출(미용 시술 중 보톡스·필러·레이저 성형, 건강검진 중 일부)은 부가세 과세(부가가치세법 제4조). 혼합 매출 의원은 분리 회계가 필수이며, 과세·면세 매입세액 안분(부가가치세법 제40조·시행령 제81조)이 요구됩니다.

법인전환 시 모든 직원 승계가 필수이며, 포괄양수도(부가가치세법 제10조 제9항) 방식이면 자동 승계됩니다. (1) 간호사·간호조무사: 4대보험 가입 이력 유지 + 면허 확인(의료법 제5조·제7조). (2) 의료기사(방사선사·임상병리사·물리치료사·치과위생사): 자격증 확인(의료기사 등에 관한 법률 제2조). (3) 행정 직원: 일반 4대보험. 포괄양수도 방식으로 양도하면 근로기준법 제6조 균등처우 원칙에 따라 전 직원 자동 승계 + 4대보험 이력 유지. 신규 채용 형식은 가입 이력 단절되고 퇴직금 승계도 어려우므로 지양합니다.

개인사업자의 자산 → 법인 이전 방법 3가지입니다. (1) 의료기기(CT·MRI·X-ray·내시경·초음파): 시가 평가 후 법인에 양도. 의료용 기기 양도는 부가가치세법 제26조 면세이므로 부가세 없음. 취득세는 지방세법 제12조 제1항 제8호 2% 적용(의료기기는 일반 과세 대상). 조세특례제한법 제32조 현물출자 세감면 적용 시 양도소득세 이월. (2) 약품·소모품 재고: 면세사업자 간 거래로 부가세 없음. 시가 양도. (3) 진료 의자·의료 가구·행정 집기: 시가 양도, 감가상각 후 잔존가액 기준. 제휴 세무법인이 자산 이전 세무 계산 안내합니다.

의사 본인이 법인 대표이사(경영) + 진료의(의료 행위)를 겸하는 것이 일반적입니다. 보수 처리 형태 2가지: (1) 임원 보수(대표이사 보수): 법인세법 시행령 제43조에 따라 정관·주주총회 승인 범위 내에서 손금 산입 가능. 매출 5억 의원은 월 500~1,000만원, 매출 10억 의원은 월 1,000~1,500만원 수준이 통상적. 과도하면 부당행위계산 부인(법인세법 제52조). (2) 임원 보수 외 진료 보수(강의·자문): 별도 계약 가능하나 일반적으로 임원 보수에 통합합니다. 임원 퇴직금은 법인세법 시행령 제44조 제4항 한도(퇴직 전 1년 총급여 × 1/10 × 근속연수) 적용. 보수 설계는 제휴 세무법인이 상담합니다.

법인은 분원 운영이 가능합니다(의료법 제33조 제8항 다만서 의료법인에 한함, 영리 의원은 1 의사당 1 의원 원칙). (1) 본원 + 분원 각각 의료기관 개설신고 별도(의료법 제33조 제3항), (2) 분원 의사 채용(상근 전문의 또는 봉직의), (3) 통합 회계로 본·분원 매출·비용 분리 관리. 1인 의사 영리법인은 본원 1개, 다인 의사 영리법인·의료법인은 분원 가능. 다만 2019년 의료법 개정으로 네트워크형 분원 운영 제한이 강화되어, 현지 설립 허가 요건을 꼼꼼히 확인해야 합니다.

의료법인 설립은 영리 의원보다 훨씬 복잡한 5단계입니다. (1) 보건복지부(종합병원) 또는 시·도지사(의원·요양병원) 사전 협의 — 운영 계획·재산 출연 증빙·개설 지역 심사(3~6개월), (2) 재산 출연: 상법상 자본금이 아닌 비영리 재단 출연재산(통상 수억~수십억원 규모), (3) 의료법인 설립 허가 신청(의료법 제33조 제2항 제4호), (4) 허가 후 법인 등기(상법 준용), (5) 의료기관 개설신고(의료법 제33조 제3항). 영리 의원 대비 설립 기간 5~10배 길고 비용도 큰 편. 종합병원·요양병원·중대형 전문병원에만 적합합니다.

코워크시티 법인설립지원센터는 의원 법인전환 무료 상담을 제공합니다(세무·법무 판단은 제휴 세무법인·법무사가 직접 수행). 지원 범위: (1) 의료법인 vs 영리 의원 비교 상담, (2) 2026년 법인세법 제55조 세율 기준 5년 절세 시뮬레이션 제공, (3) 의료기관 개설신고(의료법 제33조 제3항) 절차 안내, (4) 의료기기·약품 자산 이전 세무 안내, (5) 포괄양수도(부가가치세법 제10조 제9항) 직원 승계, (6) 분원 운영 설계 상담, (7) 제휴 법무사의 설립등기 진행(패키지 가격에 포함), (8) 제휴 세무법인의 세무기장 안내. 카카오톡·전화 상담 가능합니다. 자세한 설립 절차는 /process, 비용은 /cost 페이지를 참고하세요.

병원·의원 법인전환은 매출 5억 이상·영업이익 2억 이상에서 효과가 큽니다. 요약하면: (1) 1인 의사·치과·한의원: 영리 의원(상법 제288조 주식회사) — 설립 4~6주, 잉여금 자유 배당, 매출 5억 기준 연 2,000~3,500만원 절세. (2) 종합병원·요양병원·중대형 전문병원: 의료법인(의료법 제33조 제2항 제4호) — 보건복지부/시·도 허가 3~6개월, 잉여금 분배 금지, 비영리 재단 세제 혜택. 핵심 변수는 의료법 개설신고 + 포괄양수도 직원·자산 승계 + 요양기관 코드 변경(HIRA)입니다. 2026년 법인세법 제55조 세율 10%·20% 2구간 기준으로 재시뮬레이션하면 정확한 효과를 확인할 수 있습니다. 출처: 의료법·법인세법·부가가치세법(law.go.kr), 보건복지부(mohw.go.kr).