법인이 매입세액 공제를 못 받는 경우는 부가가치세법 제39조에 열거된 6가지 사유로 한정된다

부가가치세법 제39조 제1항은 매입세액 공제가 제한되는 사유를 6가지로 열거한다. 조문을 거꾸로 읽으면 '열거되지 않은 경우에는 공제가 원칙'이라는 뜻이고, 세무조사에서 추징이 나올 때는 6가지 중 어느 호에 해당하는지가 쟁점이 된다.

사유 1 — 세금계산서 미수취·필요적 기재사항 누락(제39조 제1항 제2호). 사업자등록번호·공급가액·공급시기가 틀리거나 아예 세금계산서를 받지 못한 경우다. 전자세금계산서는 홈택스(hometax.go.kr)에 자동 보관되지만 종이 세금계산서나 수기 세금계산서는 분실 위험이 있어 분기마다 합계표와 대조해야 한다.

사유 2 — 사업과 관련 없는 지출(제39조 제1항 제4호). 대표이사 개인 식사·가족 여행·주말 레저용품 등 업무와 무관한 지출이다. 법인카드로 결제해도 업무 관련성이 없으면 매입세액은 공제되지 않고, 세무조사에서 업무무관으로 판정되면 법인세법 제27조 손금 불산입과 함께 대표이사 상여 처분이 동반된다.

사유 3 — 접대비(기업업무추진비) 관련 지출(제39조 제1항 제5호). 거래처 저녁 자리·골프·선물 등 외부인을 대접하는 지출로, 법인세법 제25조 접대비는 한도 내에서 손금으로 인정되지만 부가세 매입세액은 전액 공제가 안 된다. 2024년부터 명칭이 '접대비'에서 '기업업무추진비'로 바뀌었어도 공제 제한은 동일하다.

사유 4 — 개별소비세법 과세 대상 자동차의 구입·임차·유지(제39조 제1항 제6호). 8인승 이하 비영업용 승용차(경차 제외)가 해당한다. 리스료·렌트료·보험료·유류비·수리비 모두 매입세액이 공제되지 않는다. 9인승 이상 승합차, 1,000cc 이하 경차(배기량·전장 기준), 운수업·자동차 판매업·대여업 등 영업용으로 쓰는 차량은 예외다.

사유 5 — 토지의 자본적 지출(제39조 제1항 제7호). 토지의 조성·매립·정지 공사 등 토지 가치를 증가시키는 지출은 토지의 취득가액에 포함되어 매입세액이 공제되지 않는다. 건물 신축 공사비는 별도 자산이므로 공제 가능하지만, 토지 정지 공사와 건물 신축을 함께 발주한 경우 세무사에게 비용 안분을 의뢰해야 한다.

사유 6 — 면세사업 관련 지출(제39조 제1항 제9호·제40조). 학원·병원·의료기관·주택 임대 등 부가가치세 면세 사업과 과세 사업을 겸영하는 법인은 면세사업분 매입세액은 공제되지 않고, 공통 매입세액은 매출 비율에 따라 안분한다. 처음부터 면세사업만 하는 법인은 애초에 매입세액 공제 신청 자체가 성립하지 않는다.

6가지 사유 모두 세무조사에서 매입세금계산서합계표와 지출 증빙·계약서·거래 내역을 대조해 판정한다. 평시에 지출 전 공제 가능성 판정 프로세스를 두는 것이 가장 안전하다(출처: 법제처 law.go.kr 부가가치세법 제39조·제40조·법인세법 제25조·제27조).

매입세액 불공제 6가지 중 가장 자주 쟁점이 되는 것이 접대비(기업업무추진비)와 복리후생비의 구분이다. 똑같이 식사비·선물비 영수증이지만 수혜자가 누구인지에 따라 매입세액 공제 여부가 달라진다.

복리후생비: 임직원 전체(또는 합리적으로 정해진 일부)를 수혜 대상으로 하는 지출이다. 직원 회식비·건강검진·명절 선물·경조사비·직장 체육대회 등이 해당한다. 수혜자가 내부 임직원이고 근무 조건 개선·복리 증진이 목적이면 복리후생비로 분류되어 매입세액 공제가 가능하다. 소득세법 제12조·시행령 제17조의 비과세 한도(식대 월 20만원·자가운전보조금 월 20만원·6세 이하 보육수당 월 20만원 등)를 초과한 금액은 직원 근로소득으로 과세된다.

접대비(기업업무추진비): 거래처·고객·외부 협력사를 수혜 대상으로 하는 지출이다. 거래처 저녁 식사·골프·선물·호텔 접대 등이 해당한다. 수혜자가 외부인이고 거래 관계 유지·거래 확대가 목적이면 접대비로 분류되어 부가세 매입세액은 전액 공제 불가, 법인세는 한도 내에서만 손금 인정된다. 2026년 중소기업 기본 한도는 3,600만원 + 수입금액 비율(1억 이하 0.3%·5억 이하 0.2%·100억 이하 0.1%)이다(법인세법 제25조).

구분이 애매한 사례 3가지.
사례 1 — 직원 가족을 초청한 회식: 수혜자에 외부인(가족)이 포함되지만 실질 목적이 직원 복리 증진이므로 복리후생비로 보는 경향이 있다. 다만 세무조사에서 외부 비중이 과도하면 접대비로 재분류될 수 있어 참석자 명단을 남겨 둬야 안전하다.
사례 2 — 임원 전용 체육시설 회원권: 수혜자가 특정 임원 1~2명에게만 집중되면 복리후생비 요건을 충족하지 못하고 임원 상여로 처분될 가능성이 있다. 전 직원이 자유롭게 이용 가능한 체육시설이어야 복리후생비 인정이 가능하다.
사례 3 — 거래처와 함께한 직원 회식: 참석자가 섞여 있으면 사안별로 안분해야 한다. 법인카드 매출전표에 '거래처 접대(참석자 A·B)' 또는 '직원 회식(참석자 전원)'을 메모로 남기는 습관이 세무조사 소명을 결정한다.

2026년 11월 기준 세무조사에서 가장 흔한 추징 쟁점은 '접대비를 복리후생비로 잘못 분류한 경우'다. 복리후생비로 매입세액 공제·법인세 손금을 둘 다 받았다가 접대비로 재분류되면 매입세액 추징 + 접대비 한도 초과분 손금 불산입이 동시에 발생한다. 복리후생비·접대비 계정 분류·매입세액 공제 판정은 세무사·공인회계사가 각자 수행한다(출처: 법제처 law.go.kr 부가가치세법 제39조·법인세법 제25조·소득세법 제12조).

부가가치세법 제39조 제1항 제6호는 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 과세 대상 자동차의 구입·임차·유지 비용 매입세액을 불공제한다고 규정한다. 쉽게 말해 8인승 이하 비영업용 승용차가 대상이며, 리스료·렌트료·보험료·유류비·주차비·수리비·세차비 등 유지 비용 전부에 적용된다.

예외 1 — 9인승 이상 승합차: 운전석을 포함해 9인승 이상이면 개별소비세법 과세 대상이 아니므로 매입세액 공제가 가능하다. 카니발 9인승·스타렉스 11인승·그랜드 스타렉스 12인승·쏠라티 15인승 등이 해당한다. 단, 3~5인승 또는 7~8인승으로 좌석 개조한 경우 등록원부상 승차정원 기준이 유지되는지 확인해야 한다.

예외 2 — 1,000cc 이하 경차: 경차는 개별소비세법 과세 제외 대상이므로 매입세액이 공제된다. 캐스퍼·레이·모닝 등이 해당한다. 1,500cc·2,000cc 세단은 경차가 아니다.

예외 3 — 영업용 차량: 운수업(택시·버스·화물자동차 운송사업)·자동차 매매업·자동차 대여업·자동차 리스업·운전학원·운전 교습업·장의업(영구차) 등 자동차가 '사업의 수단'인 사업자는 승용차 매입세액을 공제받을 수 있다. 일반 법인이 업무용으로 사용하는 승용차는 '영업용'에 해당하지 않는다.

주의할 점은 개별소비세 과세 대상 자동차의 매입세액 불공제와 법인세법 제27조의2 업무용승용차 비용 규정이 별개라는 것이다. 매입세액은 전액 불공제(부가세 10%)되지만, 법인세에서는 운행기록부 작성 시 업무사용비율만큼, 운행기록부 미작성 시 관련 비용 연 1,500만원까지 손금 인정된다(법인세법 시행령 제50조의2). 두 가지 세목을 혼동하면 세무조사에서 양쪽이 모두 지적된다.

리스·렌트 차량도 마찬가지로 리스료·렌트료 전액의 매입세액이 공제되지 않는다. 다만 렌트료의 70%만 감가상각비 상당액으로 보아 법인세 손금 한도 산정에 사용한다(법인세법 시행령 제50조의2 제6항). 전기차 충전비는 2026년 11월 기준 개별소비세 과세 대상이 아니지만 차량이 과세 대상 승용차에 해당하면 유지 비용의 범위로 보아 매입세액 불공제 적용 여부가 사안별로 판단되므로 세무사와 재확인해야 한다.

실무 결론: 법인 명의 승용차 구입·리스·유지 비용의 매입세액은 연간 수백만원 단위로 쌓이는 손실이므로, 차량 선택 단계부터 9인승 이상 승합차·경차·영업용 차량의 세 가지 예외 중 하나에 해당하는지 확인하는 것이 가장 효과적인 절세 전략이다(출처: 법제처 law.go.kr 부가가치세법 제39조·개별소비세법 제1조·법인세법 제27조의2·시행령 제50조의2).

매입세액 공제 판정에서 세무조사가 자주 적발하는 실수 5가지를 정리한다.

실수 1 — 사업자등록 전 지출의 매입세액: 사업자등록 전에 쓴 돈의 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않는다. 다만 부가가치세법 제39조 제1항 제8호는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우에 한해 등록 신청일부터 역산 20일 이내의 매입세액은 공제할 수 있도록 예외를 둔다. 법인설립 등기 전 지출한 임차 보증금 중개수수료·사무 집기 구입비 등은 사업자등록 신청 시점을 기준으로 20일 이내만 공제 가능하므로, 설립 즉시 사업자등록을 신청하는 것이 중요하다.

실수 2 — 신용카드 매출전표만 받고 매입세액 공제: 신용카드 매출전표는 세금계산서와 동등한 효력을 가지지만, 부가가치세법 제46조 제3항에 따라 공급받는 자의 사업자번호·공급가액·세액이 전표에 기재되고 공급자가 간이과세자가 아닌 일반과세자여야 공제가 된다. 간이과세자·면세사업자에게서 신용카드로 결제하면 매입세액이 공제되지 않는다. 결제 전에 공급자가 일반과세자인지 확인하고, 신용카드 매출전표에 사업자번호가 찍히는지 확인해야 한다.

실수 3 — 세금계산서 지연 수취에 따른 가산세: 세금계산서는 공급시기가 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급·수취하는 것이 원칙이다(부가가치세법 제34조·시행령 제68조). 1개월 내 지연 수취는 공급가액의 0.5% 가산세와 함께 공제가 가능하지만, 과세기간이 지난 후에 수취하면 매입세액 공제 자체가 거부될 수 있다(제17조 제2항 제1호). 거래처가 발급 지연을 자주 하는 경우 매월 20일에 수취 확인을 넣는 루틴이 필요하다.

실수 4 — 토지와 건물을 일괄 매입한 경우 안분 오류: 토지·건물 일괄 매입 계약서에 토지와 건물 가액이 구분되지 않으면 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 공급가액을 시가·기준시가 비율로 안분해야 한다. 안분 없이 전액을 건물로 처리하면 토지분 매입세액까지 공제받는 것이 되어 세무조사에서 추징된다. 토지 매입 지출은 매입세액 공제가 불가하므로 안분 비율 산정 근거 서류(감정평가서·기준시가 조회 캡처 등)를 반드시 보관한다.

실수 5 — 면세사업 겸영 시 공통 매입세액 안분 누락: 과세사업과 면세사업을 함께 하는 법인이 사무실 임차료·관리비·공과금 등 공통으로 쓰는 지출의 매입세액 전액을 공제받으면, 세무조사에서 면세사업분을 안분해 차감한다. 안분 기준은 과세사업 매출 ÷ 총매출이며, 매 과세기간마다 재계산한다(부가가치세법 시행령 제81조). 면세 매출 비중이 바뀌면 안분 비율도 바뀌므로 분기마다 재점검한다.

매입세액 불공제 추징은 세무조사가 나온 뒤 수정해도 과소신고가산세 10%·납부지연가산세(1일 10만분의 22)가 가산되어 추징액이 본세의 20~50%까지 늘어난다. 분기 단위로 아래 7가지를 재점검해 사전에 바로잡는 것이 가장 효율적이다.

체크 1 — 매입세금계산서합계표와 홈택스 자료 대조: 홈택스에서 다운로드한 전자세금계산서 목록과 장부상 매입 내역을 분기마다 대조해 누락·중복·오입력을 확인한다. 특히 수취 일자와 공급시기가 다른 경우 공급시기 기준으로 과세기간을 조정해야 한다.

체크 2 — 접대비 vs 복리후생비 재분류 점검: 분기마다 접대비·복리후생비 계정을 열어 참석자·목적·금액을 다시 확인한다. 참석자 메모가 공란인 건은 세무사와 상의해 재분류 여부를 정한다. 접대비 한도 소진 현황도 함께 확인한다.

체크 3 — 법인카드 매출전표 업무무관 지출 분리: 법인카드 매출전표 중 주말·야간·여행·개인 용품 결제 건을 별도로 추려 업무 관련성을 재검토한다. 업무무관으로 확정되면 매입세액 공제 취소·법인세 손금 불산입·대표이사 상여 처분으로 세무조정한다.

체크 4 — 신용카드 매출전표 공제 여부 확인: 신용카드 매출전표로 공제받은 건 중 공급자가 간이과세자·면세사업자가 아닌지 확인한다. 간이과세자 거래는 공제 대상에서 제외하고 수정신고를 준비한다.

체크 5 — 토지·면세사업 관련 지출 안분 점검: 토지 자본적 지출·면세사업 관련 공통 매입세액 안분 비율이 최신 매출 비율로 재계산되었는지 확인한다. 안분 비율이 10%p 이상 변동되면 세무사에게 재산정 의뢰한다.

체크 6 — 사업자등록 전 지출 20일 기한 확인: 신설 법인의 경우 설립 직전 지출한 금액 중 매입세액 공제를 신청한 건의 등록 신청일 역산 20일 기한을 재확인한다. 기한 초과 건은 공제 취소하고 과소신고가산세 감면 구간(국세기본법 제48조 1개월 90%~2년 10%)을 활용해 수정신고를 준비한다.

체크 7 — 세금계산서 지연 수취·수정세금계산서 처리: 공급시기와 수취일 간 간격이 1개월 초과인 건·수정세금계산서 발행 사유에 해당하는 건을 별도 리스트로 정리한다. 세금계산서 지연 수취 0.5% 가산세와 공제 거부 리스크를 미리 확인한다.

매입세액 공제 거부와 법인세 손금 처리는 별개의 세목이다. 매입세액이 공제되지 않더라도 해당 지출이 법인세법 제19조 '사업과 관련한 비용' 요건을 충족하면 법인세 손금으로는 처리할 수 있다. 세목별 판단 기준을 정리하면 다음과 같다.

접대비(기업업무추진비): 부가세 매입세액은 전액 공제 불가, 법인세는 한도 내에서 손금 인정. 2026년 중소기업 기본 한도 3,600만원 + 수입금액 비율(1억 이하 0.3%·5억 이하 0.2%·100억 이하 0.1%)을 초과하면 손금 불산입된다. 단, 1건 3만원 초과 접대비는 적격증빙(법인카드·세금계산서·현금영수증) 수취가 필수이며, 미수취 시 적격증빙 미수취 가산세 2%가 부과된다.

8인승 이하 비영업용 승용차: 부가세 매입세액은 전액 공제 불가. 법인세는 운행기록부 작성 시 업무사용비율만큼 손금 인정, 운행기록부 미작성 시 관련 비용 연 1,500만원까지 손금 인정. 감가상각비·리스료 상당액은 차량별 연 800만원 한도를 초과하면 이월된다(법인세법 제27조의2).

사업과 관련 없는 지출(업무무관): 부가세 매입세액과 법인세 손금 모두 거부된다. 대표이사 개인 식사·가족 여행 등은 세무조사에서 대표이사 상여로 처분되어 종합소득세까지 추가 과세된다.

토지 자본적 지출: 부가세 매입세액은 공제 불가. 법인세에서는 토지의 취득가액에 가산해 토지 양도 시까지 비용화되지 않는다. 즉 즉시 손금이 안 되고 처분 시점까지 이연된다.

면세사업 관련 지출: 부가세 매입세액은 공제 불가. 법인세 손금 처리는 사업 관련성이 있으면 가능하다. 다만 면세사업 관련 공통 매입세액 안분 후 '불공제분'은 자산가액 또는 비용으로 손금 처리된다.

세무조사에서 매입세액 공제 거부·법인세 손금 불산입·대표이사 상여 처분 세 가지가 동시에 나오는 경우 추징 금액이 본세의 3배 이상으로 커진다. 매입세액 공제 판정과 법인세 손금 판정을 별도로 관리하되, 접대비·업무무관·승용차의 세 가지 주요 쟁점은 평시에 세무사와 공유 점검 루틴을 두는 것이 안전하다.

관련 가이드: 법인 접대비·복리후생비 구분은 /blog/corporate-welfare-benefit-expense-scope-tax-guide-2026에서, 법인 차량 경비처리는 /blog/corporate-vehicle-expense-deduction-guide-2026에서, 법인설립 비용 전체 구조는 /cost에서 확인할 수 있다.

본 가이드는 2026년 11월 기준 정보 제공용이며, 실제 매입세액 공제 판정·접대비 한도 산정·업무용승용차 비용 산정·세무조정·세무조사 대응은 세무사·공인회계사가 각자 수행한다. 코워크시티 법인설립지원센터는 비상주 사무실·법인설립 접수·법인 등기 변경 상품만 제공하며, 세무 자문·세금계산서 발급 대리·매입세금계산서합계표 제출 대리·세무조사 대응·수정신고 서류 작성을 수행하지 않는다.

출처: 법제처 국가법령정보센터 law.go.kr(부가가치세법 제17조·제32조·제34조·제39조·제40조·제46조·시행령 제64조·제68조·제81조·법인세법 제19조·제25조·제27조·제27조의2·시행령 제50조의2·개별소비세법 제1조·국세기본법 제47조의2·제47조의3·제47조의4·제48조·제85조의3) · 국세청 nts.go.kr(매입세액 공제 안내·접대비 한도·업무용승용차 비용 규정) · 홈택스 hometax.go.kr(전자세금계산서 발급·매입세금계산서합계표 제출).