1인 법인 대표이사 임원 성과급은 주주총회 사전 결의와 지급 기준이 있어야 손금으로 인정된다

1인 법인을 운영하는 대표이사가 한 해 실적이 좋아 연말에 자신에게 성과급을 지급하려 할 때, 절차를 모르면 세무적으로 큰 문제가 생길 수 있다. 2026년 11월 기준 법인세법 시행령 제43조에 따르면, 법인이 임원에게 지급하는 급여·상여금은 정관 또는 주주총회·이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하지 아니하고 지급한 경우 법인세 계산 시 손금에 산입할 수 없다.

손금 불산입이 되면 두 가지 세금이 동시에 발생한다. 첫째, 법인 단계에서 성과급 금액이 익금 산입되어 법인세 과세표준이 커진다. 2026년 기준 법인세율은 과세표준 2억원 이하 10%·2억 초과 200억 이하 20%다(출처: 국세청 nts.go.kr). 성과급 5,000만원이 손금 불산입되면 법인세 500만원이 추가 발생한다. 둘째, 소득처분을 통해 대표이사에게 근로소득으로 귀속 처분되어 종합소득세가 별도로 부과된다. 연간 근로소득과 합산되어 최고 45% 세율이 적용될 수 있다.

법인세와 근로소득세를 합산하면 성과급 원금의 50~60%를 세금으로 낼 수 있는 최악의 상황이 벌어진다. 세무조사 사전통지는 조사 시작 20일 전까지 발부된다(국세기본법 제81조의7). 통지서를 받은 뒤 대응하면 이미 늦으므로 미리 절차를 갖추는 것이 필수다.

임원 성과급이 손금으로 인정받으려면 세 가지 조건을 모두 갖춰야 한다.

조건 1 — 사전 지급 기준 명문화: 성과급 지급 기준이 정관·주주총회 결의·이사회 결의에 명시되어야 한다. '이익의 일정 비율을 성과급으로 지급한다'는 추상적 표현보다는 '사업연도 순이익의 10%를 연 1회 대표이사 성과급으로 지급한다'처럼 구체적이고 측정 가능한 기준이어야 한다. 1인 법인은 연초 주주총회 결의에 성과급 지급 기준을 넣는 것이 가장 안전하다.

조건 2 — 적정 보수 범위: 성과급을 포함한 연간 임원 보수 총액이 같은 직종·규모 사업에서 통상적인 수준을 현저히 초과하지 않아야 한다. 적자 사업연도 또는 이익에 비해 과도한 성과급은 세무조사에서 집중 심사 대상이 된다.

조건 3 — 근로소득 처리: 임원 성과급은 근로소득에 해당한다. 지급 시 근로소득세를 원천징수하여 다음 달 10일까지 신고·납부해야 한다(소득세법 제127조·제128조). 연말정산 또는 5월 종합소득세 신고 시 연간 급여와 합산한다.

임원 성과급의 세무적 안전성을 확보하는 첫 번째 단계는 임원보수지급규정 작성이다. 규정에는 최소 다섯 가지 항목이 포함되어야 한다.

항목 1 — 성과급 지급 대상: 대표이사, 등기이사, 감사 등 임원의 범위를 명시한다. 1인 법인은 대표이사 1명이므로 간단하다.

항목 2 — 성과급 지급 기준: '사업연도 순이익의 N%' 또는 '매출 목표 초과 달성 시 초과분의 N%' 등 객관적이고 측정 가능한 기준을 명시한다. 추상적 기준은 세무조사에서 취약하다.

항목 3 — 성과급 지급 시기: 연 1회, 사업연도 종료 후 N개월 이내 등 구체적 시기를 정한다. 반기 분할 지급을 선택하면 연간 원천세 부담이 고르게 분산된다.

항목 4 — 성과급 상한액: 성과급 총액의 연간 한도를 설정한다. 한도가 없으면 과다 보수 시비가 생긴다.

항목 5 — 적용 절차: 성과급 지급 전 주주총회 또는 이사회 결의를 거치도록 명시한다. 1인 법인은 주주총회 결의도 의사록으로 보관해야 한다.

임원보수지급규정은 주주총회에서 승인하고 의사록에 반영한다. 이미 성과급을 지급했다면 사후 소급 규정 작성은 세무적으로 취약하다. 다음 사업연도부터 적용되도록 미리 준비하는 것이 원칙이다.

1인 법인에서 주주총회는 주주 본인 혼자 개최하고 결의할 수 있다. 주주가 1인이므로 별도 소집 통지 없이 본인이 직접 개최하면 된다. 그러나 의사록은 반드시 작성하고 10년간 법인 본점에 비치해야 한다.

의사록에 반드시 포함할 항목 7가지 체크리스트.

체크 1. 개최 일시: YYYY년 MM월 DD일 HH시 MM분.
체크 2. 개최 장소: 법인 본점 주소 또는 화상회의 플랫폼 명시.
체크 3. 출석 주주: 대표이사 성명, 주식 수, 보유 비율.
체크 4. 결의 사항: 임원 성과급 지급 기준, 지급 금액 또는 산정 방식, 지급 시기.
체크 5. 결의 방법: 만장일치 또는 과반수 등.
체크 6. 의장 서명: 대표이사 본인.
체크 7. 작성일.

의사록은 세무조사 시 손금 인정 근거 서류가 된다. 미비치 시 상법에 따라 과태료 대상이 될 수 있으므로 주주총회는 세무적으로 중요한 행사다. 형식에 맞게 매년 정기적으로 개최하고 의사록을 보관하는 습관을 갖는다.

1인 법인 대표이사가 임원 성과급 처리에서 자주 하는 실수 5가지를 정리한다.

실수 1 — 가지급금으로 처리: 성과급을 법인 통장에서 꺼내 대표이사 개인 통장으로 이체하면서 가지급금으로 처리하는 경우가 많다. 가지급금은 법인이 대표에게 돈을 빌려준 것으로, 2026년 국세청 고시 이자율 연 4.6%로 인정이자가 발생해 법인세와 소득세가 추가로 붙는다. 성과급은 반드시 급여로 처리해야 한다.

실수 2 — 연말 소급 결의: 12월에 실적이 확정된 후 소급해서 주주총회 결의를 하는 경우, 세무조사에서 사전 결의가 아닌 사후 조작으로 보아 손금 불인정될 수 있다. 반드시 연초 또는 사업연도 중에 사전 결의해야 한다.

실수 3 — 원천세 미신고: 임원 성과급도 근로소득이므로 지급 시 원천징수가 필수다. 성과급 5,000만원을 지급하면서 원천세를 떼지 않으면 원천징수 납부지연 가산세(지연일수 × 10만분의 22)가 부과된다.

실수 4 — 주주총회 의사록 미작성: 1인 법인이라도 의사록을 작성하지 않으면 세무조사 시 근거 서류가 없어 손금 불산입된다. 의사록은 간단해도 되지만 반드시 존재해야 한다.

실수 5 — 과도한 성과급으로 과다 보수 시비: 적자 사업연도 또는 이익에 비해 과도한 성과급은 세무조사에서 집중 심사를 받는다. 성과급 포함 임원 보수 총액이 같은 업종·규모 법인의 통상적 수준을 현저히 초과하면 과다 보수 부분을 손금 불산입할 수 있다.

대응 체크리스트 7가지.

체크 1. 임원보수지급규정이 사업연도 시작 전에 작성·승인되어 있는가.
체크 2. 주주총회 의사록에 성과급 지급 기준이 명시되어 있는가.
체크 3. 성과급 계산 근거(이익 계산서, 목표 달성 근거 등)를 별도 보관하고 있는가.
체크 4. 성과급 지급 시 근로소득세 원천징수를 했는가.
체크 5. 원천세 신고·납부를 다음 달 10일까지 완료했는가.
체크 6. 가지급금 잔액이 없는가.
체크 7. 임원 보수 총액(급여+성과급)이 사업 이익과 업종 평균 대비 합리적인가.

체크리스트 7가지를 모두 충족한 경우에만 세무조사 리스크를 최소화할 수 있다. 임원 성과급 설계·원천세 신고·종합소득세 신고·세무조사 대응은 세무사·공인회계사가 각자 수행한다. 코워크시티 법인설립지원센터는 비상주 사무실·법인설립 접수·법인 등기 변경 상품만 수행한다.

임원 성과급 외에도 1인 법인 대표이사가 이익을 가져가는 방법은 급여, 배당, 퇴직금 세 가지가 있다.

급여(임원 보수): 매월 정기적으로 지급. 근로소득세·4대보험 부담이 있지만 소득공제·세액공제 혜택이 있다. 2026년 기준 1인 법인 대표이사 4대보험은 국민연금 9.5%·건강보험 7.19%·장기요양(건보료의 13.14%)로 회사·본인 각 약 8.82%씩 부담한다(출처: 국민건강보험공단 nhis.or.kr·국민연금공단 nps.or.kr).

배당: 금융소득 연 2,000만원 이하는 15.4% 분리과세. 4대보험 부담이 없어 보이지만, 배당은 법인세 납부 후 이익에서 지급되므로 법인세+배당소득세 이중 부담 구조다.

퇴직금: 근속연수가 길수록 세후 수령액이 커지는 절세 수단. 임원 퇴직금 손금 한도는 퇴직 전 1년 총급여 × 1/10 × 근속연수이며, 초과 부분은 손금 불산입된다(법인세법 시행령 제44조 제4항).

이익 규모와 대표이사 급여 수준에 따라 최적 조합이 달라진다. 2026년 기준 연 이익 1억원 구간에서는 급여 월 580만원 + 배당 조합이 세후 인출액을 최대화하는 경향이 있지만, 실제 세부 계산은 세무사에게 의뢰해야 한다.

임원 성과급 절세 관련 추가 가이드: 법인 가지급금 처리는 /blog/corporate-provisional-payment-resolution-guide-2026에서, 법인설립 비용 전체 구조는 /cost에서 확인할 수 있다.

출처: 법제처 국가법령정보센터 law.go.kr(법인세법 시행령 제43조·제44조 제4항·소득세법 제127조·제128조·국세기본법 제81조의7) · 국세청 nts.go.kr(법인세 세율 2026년·원천징수 안내) · 국민건강보험공단 nhis.or.kr · 국민연금공단 nps.or.kr(2026년 4대보험료율).