비상주 본점 법인이 사업장을 2곳 이상 운영할 때 — 3체계의 선택지
비상주 사무실에 본점을 두고 쇼핑몰·제조·물류·IT 서비스업을 운영하는 법인은 성장과 함께 창고·지점·물류센터·판매장·대리점을 추가로 임차·개설하는 사례가 많다. 사업장이 2곳 이상이 되는 순간 부가가치세법은 3가지 과세 체계 중 하나를 선택하도록 한다.
첫째, 사업장별 과세(원칙). 부가가치세법 제6조·제8조에 따라 각 사업장이 별도 사업자등록번호를 받고 독립적으로 신고·납부·환급·세금계산서를 발급하는 체계다. 신규·소규모 법인의 기본값이며 신청 없이 자동으로 적용된다. 사업장 간 재화·용역 이동은 제10조 간주공급 대상이 되어 사업장 간 세금계산서를 발급해야 하며 사업장별 매출·매입이 분리되어 과·부족 상계가 되지 않는다.
둘째, 사업자단위과세. 제8조 제3항·제4항·시행령 제12조에 따라 본점(또는 주된 사업장) 사업자등록번호 하나로 모든 사업장을 통합하는 체계다. 사업장 간 재화 이동은 내부거래로 간주공급 대상이 아니며 세금계산서도 발급하지 않는다. 사업장 추가·폐지 시 정정신고(제8조 제8항)로 처리된다. 신규 사업자등록번호가 발급되지 않는다.
셋째, 주사업장 총괄납부. 제8조 제5항·제6항·시행령 제90조·제91조에 따라 사업자등록번호는 사업장별로 유지하되 납부·환급만 주사업장에서 합산하는 체계다. 사업장별 신고 의무(제48조 예정신고·제49조 확정신고)는 유지되지만 납부세액·환급세액이 사업장별로 과·부족이 생겨도 주사업장에서 통합 처리된다.
2026년 11월 기준 쇼핑몰 성장 단계 법인(본점·창고·물류센터·오프라인 매장·소규모 지점 등으로 사업장 수가 급증)은 사업자단위과세로 신청하면 사업장 추가 시마다 신규 사업자등록을 받지 않아도 되고 사업장 간 세금계산서 발급·수령·조정 번거로움이 사라지는 장점이 있다. 반면 사업장별 매출·매입 차이가 크고 과·부족 상계 효과만 노리는 법인은 주사업장 총괄납부가 적정하다. 사업장이 1~2곳이고 간주공급 빈도가 낮은 법인은 사업장별 과세로도 큰 불편이 없다.
3가지 체계 모두 신청 효력이 과세기간 단위(1월 1일 또는 7월 1일)로 발생하므로 과세기간 개시 20일 전까지(제8조 제3항·제6항·시행령 제12조 제3항·제91조 제2항) 홈택스 또는 사업자등록 정정신고로 신청·변경·포기해야 한다. 1기 과세기간부터 적용받으려면 전년도 12월 11일까지, 2기부터 적용받으려면 당해 연도 6월 11일까지 신청하는 일정을 미리 체크한다.
주의할 점은 사업자단위과세·주사업장 총괄납부와 무관하게 지방세법 제74조·제80조·제81조에 따른 사업소분 주민세(균등분·재산분·종업원분)와 지방세법 제28조에 따른 사업장별 등록면허세는 사업장별로 각각 부과된다는 사실이다. 사업자단위과세로 전환해도 사업소분 지방세는 통합되지 않는다. 참고: /blog/virtual-office-local-tax-resident-tax-filing-guide-2026 (비상주 지방세·주민세 신고).
코워크시티 법인설립지원센터(k-incorp.org)는 비상주 사무실·법인설립·법인전환 상품만 안내하며, 사업자단위과세·주사업장 총괄납부 선택 자문·신청서 작성·사업자등록 정정신고·사업장별 신고 설계·전자세금계산서 발급 체계·매입세액 공제 설계·세무조사 대응은 세무사·공인회계사·세무법인이 각자 수행한다(출처: 법제처 law.go.kr 부가가치세법 제6조·제8조·제10조·제48조·제49조·시행령 제12조·제90조·제91조·지방세법 제74조·제80조·제81조·제28조).