1인 법인 대표이사 연말정산은 상법 제388조 임원 보수 결의로 매월 급여를 지급하고 소득세법 제127조에 따라 원천세를 매월(또는 반기별) 신고해 근로소득이 성립한 경우에만 가능하다. 2026년 2월 급여 지급 전까지 소득세법 제137조에 따라 세액을 재계산한다

1인 법인 대표이사가 연말정산을 할 수 있는지는 '근로소득이 성립했는가'로 갈린다. 소득세법 제20조에 따르면 근로소득은 근로의 제공으로 받는 봉급·급료·임금·수당·상여를 포함하고 임원도 포함된다. 다만 임원 보수가 근로소득으로 성립하려면 상법 제388조에 따라 정관 또는 주주총회 결의로 보수 한도를 정하고 매월 실제로 지급해야 한다. 결의 없이 임의로 가져간 돈은 가지급금 또는 상여처분 대상이 되어 연말정산이 성립하지 않는다.

유형은 세 가지로 갈린다. 첫째, 월급을 받는 대표이사. 보수 결의와 월별 급여 지급 그리고 소득세법 제127조에 따른 원천세 매월 신고(또는 상시고용 20명 이하 반기별)가 완료된 경우로 연말정산 대상이다. 둘째, 무보수 대표이사. 급여를 받지 않으므로 근로소득이 없어 연말정산이 아예 성립하지 않는다. 셋째, 보수 결의는 있으나 미지급하거나 가수금으로 처리한 대표이사. 소득세법 제135조 제5항에 따라 사업연도 말일 다음 달 1개월이 지난 날 지급된 것으로 의제돼 원천징수 의무가 발생하며, 연말정산 신고도 그 의제 지급 기준으로 진행된다. 2026년 11월 기준이며 자신의 유형이 어느 쪽인지 세무사·공인회계사 확인을 권장한다.

1인 법인 대표이사가 가장 혼동하는 지점이다. 연말정산은 '근로소득 하나만 있는 사람'의 세액을 1년 치로 정산하는 절차이고, 5월 종합소득세 신고는 '여러 종류의 소득이 있는 사람'이 합산해서 다시 신고하는 절차다. 소득세법 제73조와 제74조에 따라 연말정산으로 과세가 종결되는 경우와 종합소득세 신고로 추가 신고해야 하는 경우가 나뉜다.

연말정산만으로 종결되는 경우는 세 가지다. (1) 근로소득만 있는 경우. (2) 금융소득(이자·배당)이 연 2,000만원 이하여서 소득세법 제14조 제3항 제6호에 따라 15.4%로 분리과세로 끝나는 경우. (3) 사적연금 수령액이 연 1,500만원 이하인 경우(2024년부터 소득세법 제14조 제3항 제9호 선택적 분리과세).

5월 종합소득세로 추가 신고해야 하는 경우는 (1) 금융소득(이자+배당) 합계가 연 2,000만원 초과(상법 제462조에 따른 1인 법인의 자기 배당도 포함). (2) 사업소득이 추가로 있는 경우(개인사업자 겸업 등). (3) 기타소득 연 300만원 초과. (4) 근로소득이 두 곳 이상에서 발생한 경우(대표이사 겸임 등)로 주된 근무지에서 합산 연말정산하지 않은 경우.

1인 법인 대표이사는 특히 자기 법인에서 받은 배당(법인세법 제55조에 따라 법인세 과세 후 상법 제462조 범위 내에서 지급)이 금융소득에 합산되고 다른 금융소득까지 합쳐 2,000만원을 넘으면 5월 종합소득세 신고 대상이 된다. 2026년 11월 기준이며 자신의 소득 구성에 따라 양쪽을 모두 하거나 한쪽만 할 수 있으므로 세무사 상담을 권장한다.

1인 법인 대표이사도 일반 근로소득자와 동일하게 소득세법상의 세액공제와 소득공제를 적용받는다. 2026년 11월 기준 주요 7가지는 다음과 같다.

(1) 근로소득공제: 총급여 500만원 이하 70%·500~1,500만원 40%·1,500~4,500만원 15%·4,500~1억원 5%·1억원 초과 2%(소득세법 제47조). 1인 법인 대표이사도 자동 적용. (2) 근로소득세액공제: 산출세액의 50%(130만원 이하 55% + 130만원 초과 30%, 소득세법 제59조). 총급여 3,300만원 이하 74만원 한도. (3) 자녀세액공제: 자녀 1명 15만원, 2명 35만원, 3명 65만원(2024년부터, 소득세법 제59조의2). (4) 연금계좌세액공제: IRP·연금저축 납입액의 12% 또는 15%, 연 700만원 한도(50세 이상 900만원, 소득세법 제59조의3). (5) 보장성보험료 세액공제: 100만원 한도 12%(장애인 전용 15%, 소득세법 제59조의4). (6) 의료비 세액공제: 총급여 3% 초과분의 15%(본인·장애인·65세 이상 공제 한도 없음, 산후조리원 200만원 한도, 소득세법 제59조의4). (7) 기부금 세액공제: 1,000만원 이하 15%, 초과분 30%(2026년부터 특례기부금 3,000만원 초과분 40%, 소득세법 제59조의4).

이 외 신용카드·체크카드 소득공제(소득세법 제126조의2)는 총급여 25% 초과 사용액의 15~40% 공제(연 300만원 한도)로 1인 법인 대표이사도 개인 카드로 결제한 소비는 공제된다. 다만 법인카드 사용분은 공제되지 않는다는 점에 주의가 필요하다. 세액공제·소득공제 적용은 각자 소득·가족 구성·지출에 따라 결과가 달라지므로 세무사·공인회계사 상담을 병행하는 것이 안전하다. 2026년 11월 기준이며 2026년 소득분부터는 세법 개정 가능성이 있으므로 홈택스 공식 안내를 함께 확인할 것을 권장한다.

실무 5단계는 다음과 같다.

1단계 — 급여대장과 원천세 신고 정리. 1월부터 12월까지 매월 지급한 급여 총액과 원천징수한 소득세·지방소득세를 합산한다. 상법 제388조 보수 결의서, 매월 급여 지급 통장 내역, 매월(또는 반기별) 홈택스 원천세 신고서 사본이 기본 자료다.

2단계 — 2026년 1월 20일부터 홈택스 연말정산 간소화 서비스 자료 수집. 국세청 간소화 서비스에서 보험료·의료비·교육비·기부금·연금계좌·신용카드 등 자료를 PDF로 다운로드한다. 자료가 누락됐으면 영수증을 직접 수집한다. 특히 안경·콘택트렌즈·시력교정술은 간소화에 자동 반영되지 않는 경우가 있어 영수증을 별도 보관해야 한다.

3단계 — 2026년 2월분 급여 지급 전까지 연말정산 세액 재계산. 소득세법 제137조에 따라 연간 총급여에 소득공제·세액공제를 반영해 실제 세액을 산출하고 매월 원천징수한 세액 합계와 비교한다. 홈택스 또는 세무회계 프로그램(두잇·세무사랑 등)을 이용한다.

4단계 — 2026년 3월 10일까지 지급명세서(원천징수영수증) 제출. 소득세법 제164조에 따라 1인 법인은 대표이사 본인 1인에 대해서도 지급명세서를 국세청에 제출한다. 미제출 시 미제출 금액의 1% 가산세가 부과된다(국세기본법 제47조의5).

5단계 — 환급·추가납부 처리. 환급세액은 2월분 급여에 가산해 지급하거나 2월 급여 다음 달 10일 원천세 신고 시 상계한다. 추가납부세액은 2월 급여에서 공제하거나 분납 신청(상법상 승인 불필요하나 홈택스 분납 신청)으로 처리한다. 환급·추가납부 금액이 10만원 이상이면 분납 가능하다. 2026년 11월 기준이며 처리 세부 사항은 세무사·공인회계사 상담을 권장한다.

실무에서 1인 법인 대표이사가 자주 빠지는 실수 5가지는 다음과 같다.

(1) 보수 결의 없이 급여 지급 후 연말정산 시도. 상법 제388조 임원 보수는 정관 또는 주주총회 결의로 한도를 정해야 하며, 결의 없이 지급한 급여는 손금 부인될 수 있고 연말정산 자료의 적법성 자체가 흔들린다. 매년 정기 주주총회(소규모 회사는 서면결의도 가능, 상법 제363조 제4항)로 보수 한도를 결의해두어야 한다.

(2) 원천세 신고를 매월 또는 반기별 중 어느 쪽으로 할지 미결정. 1인 법인은 상시고용 20명 이하이므로 홈택스 반기별 특별징수 승인 신청(소득세법 제128조 제2항)이 가능하다. 승인받으면 1월과 7월 2회 신고로 축소된다. 미신청이면 매월 신고 의무가 지속되고 매월 미신고 시 가산세가 누적된다.

(3) 법인카드 사용분을 신용카드 소득공제로 공제 신청. 법인카드 사용분은 법인이 손금으로 처리하는 비용이지 개인의 소득공제 대상이 아니다. 사적 사용으로 전환된 금액은 대표이사 상여로 처분될 수 있어 이중 과세 리스크가 된다. 신용카드 소득공제는 반드시 개인 명의 카드만 포함한다.

(4) 지급명세서 미제출. 1인 법인은 '다른 직원이 없으니 괜찮다'고 오해하기 쉽지만, 대표이사 본인에 대해서도 지급명세서 제출 의무가 있다. 미제출 시 국세기본법 제47조의5에 따라 미제출 금액의 1% 가산세가 부과된다.

(5) 금융소득 2,000만원 초과 분기 미점검. 1인 법인 대표가 자기 법인에서 받은 배당(상법 제462조·제462조의3 중간배당)과 다른 금융소득의 합계가 2,000만원을 넘으면 5월 종합소득세 신고 대상이지만, 연말정산으로 종결됐다고 오해해 신고를 누락하는 사례가 많다. 소득세법 제62조에 따라 2,000만원까지는 14% 비교과세로 완화되지만 초과분은 합산 종합과세가 되며, 신고 누락 시 국세기본법 제47조의2 무신고 20% 가산세와 제47조의4 납부지연 가산세(1일 10만분의 22, 연 약 8.03%)가 적용된다. 2026년 11월 기준이며 세무 리스크 평가는 세무사·공인회계사 상담을 권장한다.

1인 법인 대표이사가 연말정산 전 반드시 확인해야 할 체크리스트는 다음 7가지다.

(1) 상법 제388조 임원 보수 결의서(정관 또는 주주총회) 매년 확보. (2) 매월 급여 지급 통장 내역과 급여대장 매월 생성·보관. (3) 소득세법 제127조 원천세 신고(매월 또는 반기별 승인) 완료 여부. (4) 2026년 1월 20일부터 홈택스 연말정산 간소화 서비스 자료 수집 및 영수증 보완. (5) 2026년 2월분 급여 지급 전까지 소득세법 제137조 세액 재계산 완료. (6) 2026년 3월 10일까지 소득세법 제164조 지급명세서(원천징수영수증) 제출. (7) 금융소득 2,000만원 초과 시 2026년 5월 소득세법 제73조 종합소득세 합산 신고.

연말정산은 세무사·공인회계사 선임이 선택이지만, 1인 법인 대표이사가 금융소득 2,000만원 초과·중간배당·가족 임원 겸업·스톡옵션 행사·기타 소득 300만원 초과 중 어느 하나라도 해당하면 세무사 상담 병행이 안전하다. 세법 개정은 매년 발생하므로 매년 홈택스 공식 안내와 소득세법 최신 조문 확인이 필요하다.

코워크시티는 비상주 사무실·법인설립 신청 접수·법인 등기 변경 상품을 제공하며, 1인 법인 대표이사의 연말정산 세무조정·원천세 신고 대행·종합소득세 신고·세무조사 대응은 제휴 세무법인과 공인회계사가 각자 수행한다. 세무 신고 대행은 공인회계사법 제2조·세무사법 제2조에 따라 공인회계사·세무사의 전속 업무이며, 플랫폼이 선임·중개하지 않는다. 2026년 11월 기준이며 세무 적용은 반드시 세무사·공인회계사 상담 후 결정할 것을 권장한다.

출처: 법제처 law.go.kr 소득세법 제20조·제47조·제59조·제59조의2·제59조의3·제59조의4·제62조·제73조·제74조·제126조의2·제127조·제128조·제135조·제137조·제164조 · 상법 제363조·제388조·제462조·제462조의3 · 국세기본법 제47조의2·제47조의4·제47조의5. 홈택스 연말정산 간소화 서비스와 공식 안내는 hometax.go.kr과 국세청 nts.go.kr에서 확인할 수 있다. 관련 글: /blog/one-person-corp-ceo-income-proof-methods-2026·/blog/one-person-corp-ceo-non-taxable-income-benefits-guide-2026·/blog/one-person-corp-interim-dividend-guide-2026·/process·/apply.