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법인 주주 변경 절차: 주주명부 변경부터 등기까지

법인 주주 변경은 주주명부 명의개서로 완료되며 임원이 함께 바뀌지 않으면 등기가 불필요하다. 주식 양도 시 양도소득세 예정신고(반기 말일부터 2개월), 주식등변동상황명세서 제출, 특수관계인 거래 증여세, 과점주주 책임까지 2026년 기준 절차·서류·세금을 정리한다. FAQ 포함.

법인 주주 변경은 주주명부 명의개서로 끝나며 임원 변경이 없으면 등기는 불필요하다 (2026년 기준)

법인 주주 변경은 주주명부 명의개서만으로 완료되며, 대표이사·이사·감사가 함께 바뀌지 않는 한 등기는 필요 없다. 주식을 양도한 경우 양도인은 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 예정신고해야 하고(소득세법 제105조, 출처: nts.go.kr), 법인은 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서를 첨부해야 하며 미제출·불분명 시 해당 주식 액면금액의 1% 가산세가 부과된다(법인세법 제75조의2, 출처: law.go.kr). 정관에 주식 양도 시 이사회 승인 조항이 있으면 양도 전 이사회 결의가 선행되어야 한다(상법 제335조, 출처: law.go.kr). 가족 등 특수관계인 간 거래는 시가와 양도가 차이가 크면 증여세가 과세될 수 있어 시가 평가가 중요하다.

주주 변경 사유와 절차

법인의 주주가 바뀌는 경우:
- 주식 양도: 기존 주주가 다른 사람에게 주식을 매도

- 증자: 새로운 주주가 유상증자에 참여

- 상속: 주주 사망으로 상속인에게 이전

- 증여: 주주가 가족 등에게 무상 이전

주주 변경 절차:
1. 주식양도계약서 작성 (양도의 경우)

2. 법인에 주식 양도 통지

3. 이사회 또는 대표이사가 주주명부 변경

4. 양도소득세 예정신고 (양도인, 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내, 출처: nts.go.kr)

5. 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서 첨부

등기 필요 여부:
- 주주만 변경: 등기 불필요 (주주명부만 변경)

- 대표이사·이사가 함께 변경: 등기 필요

- 감사가 변경: 등기 필요

주주 변경 시 주의사항

정관 확인:
- 정관에 '주식 양도 시 이사회 승인 필요' 조항이 있는지 확인

- 해당 조항이 있으면 이사회 승인 결의 선행

특수관계인 거래:
- 가족·친인척 간 주식 거래는 세무 당국이 주시합니다

- 시가보다 저가로 양도하면 증여세 이슈

- 시가보다 고가로 양도하면 양수인에게 증여세

주주명부 관리:
- 법인은 주주명부를 항상 최신 상태로 유지해야 합니다

- 법인세 신고 시 주주명부(주식등변동상황명세서) 제출 의무

- 미제출 시 가산세 부과

외국인 주주:
- 외국인이 주주로 참여하면 외국인투자 신고 필요 (1억원 이상)

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주주명부 관리 실무

주주명부란?
법인의 주주 현황을 기록한 공식 장부입니다. 상법에 의해 작성·비치 의무가 있습니다.

주주명부 기재사항:
- 주주의 성명(법인명)과 주소

- 보유 주식의 종류와 수

- 주식 취득 일자

- 주권 번호 (주권 발행 시)

주주명부 변경 시점:
- 주식 양도 시: 양도 통지 후 즉시 변경

- 증자 시: 주금 납입 완료 후 변경

- 상속·증여 시: 이전 사실 확인 후 변경

주식등변동상황명세서:
- 법인세 신고 시 첨부하는 서류

- 해당 사업연도 중 주주 변동 내역 기재

- 미제출·불분명 시 가산세: 해당 주식 액면금액의 1% (법인세법 제75조의2)

명의신탁 주의:
- 타인 명의로 주식을 보유하는 것은 위험

- 명의신탁 적발 시 증여세 부과

- 실질 소유자와 명의자 간 분쟁 리스크

- 반드시 실제 소유자 명의로 등록

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과점주주의 책임과 의무

과점주주란?
주주 1인과 특수관계인(가족 등)이 보유한 지분 합계가 50%를 초과하는 주주입니다.

과점주주의 취득세 납세 의무:
- 법인이 부동산을 보유한 경우

- 과점주주가 되면 부동산을 '간접 취득'한 것으로 간주

- 취득세 추가 납부 의무 발생

- 계산: 부동산 시가 × 지분비율 × 취득세율

과점주주의 제2차 납세 의무:
- 법인이 세금을 체납하고 법인 재산으로 충당 불가 시

- 과점주주가 지분비율만큼 연대 납세 의무

- 예: 법인세 1억원 체납, 지분 60%6,000만원 납세 의무

과점주주 리스크 줄이기:
- 가족 간 지분 분산 시 합산 규정 주의

- 지분 50% 이하로 유지하면 과점주주 회피

- 제3자 주주를 포함하여 분산

1인 법인 대표는 필연적으로 과점주주:
- 1인 법인은 100% 지분 보유

- 과점주주 관련 의무 모두 적용

- 법인세 체납 방지가 특히 중요

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출처

출처: 국가법령정보센터 law.go.kr (상법 제335조 주식 양도 제한, 상법 제352조·제396조 주주명부 비치, 법인세법 제75조의2 주식등변동상황명세서 가산세, 지방세법 제7조 과점주주 간주취득세) · 국세청 nts.go.kr (소득세법 제105조 주식 양도소득 예정신고, 특수관계인 저가·고가 양도 증여세) · 대법원 인터넷등기소 iros.go.kr (대표이사·이사·감사 변경 시 변경등기)

한눈에 보기

자주 묻는 질문

Q. 주주가 바뀌면 법인 등기를 꼭 해야 하나요?
주주만 바뀌는 경우 등기는 필요 없고 주주명부 명의개서만 하면 된다. 주주 현황은 등기사항이 아니라 주주명부 기재 사항이기 때문이다. 다만 주식 양도·증자 등으로 대표이사·이사·감사 같은 임원이 함께 바뀌면 그 임원 변경은 등기 대상이므로 변경일로부터 2주 이내에 변경등기를 해야 한다(상법). 등기를 게을리하면 과태료가 부과될 수 있으므로 임원 변경 여부를 먼저 확인하는 것이 중요하다.
Q. 주식을 양도하면 세금은 언제 어떻게 신고하나요?
주식을 양도한 양도인은 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 예정신고·납부해야 한다(소득세법 제105조, 출처: nts.go.kr). 예를 들어 3월에 양도했다면 상반기 말(6월 30일)부터 2개월인 8월 말까지 신고한다. 비상장주식 양도차익에 대해 과세되며, 법인은 별도로 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서를 첨부해야 한다. 신고를 누락하면 가산세가 붙으므로 양도 시점부터 일정을 관리하는 것이 좋다.
Q. 가족에게 주식을 싸게 넘기면 문제가 되나요?
가족 등 특수관계인에게 시가보다 현저히 낮은 가격으로 주식을 양도하면 증여세가 과세될 수 있다. 시가와 양도가의 차액을 사실상 증여로 보기 때문이다. 반대로 시가보다 높게 양도하면 양수인이 이익을 본 것으로 보아 증여세 이슈가 생긴다. 따라서 특수관계인 간 거래는 비상장주식 시가 평가를 거쳐 적정 가격으로 거래하고 평가 근거를 보관해야 한다. 구체적인 시가 산정과 증여세 판단은 세무사 확인을 권장한다.
Q. 1인 법인 대표도 과점주주 책임을 지나요?
그렇다. 1인 법인 대표는 지분을 100% 보유하므로 지분 50% 초과 요건을 당연히 충족하는 과점주주다. 과점주주는 법인이 부동산을 보유한 경우 지분비율만큼 간접 취득한 것으로 보아 취득세 납세 의무가 생기고(지방세법 제7조), 법인이 세금을 체납하고 법인 재산으로 충당하지 못하면 지분비율만큼 제2차 납세 의무를 진다. 가족 지분은 합산되므로 가족 법인도 과점주주가 되기 쉽다. 법인세·지방세 체납을 방지하는 것이 과점주주 리스크 관리의 핵심이다.

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