법인이 대표이사 건강검진 비용을 경비로 처리할 수 있나요?

법인이 대표이사 건강검진 비용을 법인카드나 법인계좌로 지출하면 법인세법상 복리후생비로 손금에 산입할 수 있으며, 동시에 대표이사 입장에서도 소득세법 제12조 제3호에 따른 비과세 근로소득에 해당해 근로소득세가 부과되지 않는 이중 혜택이 있다(출처: 국세청 https://www.nts.go.kr, 법제처 https://www.law.go.kr). 비과세·손금 처리를 위한 조건 3가지:

1. 1비과세 요건 확인 — 소득세법 제12조 제3호 — 연 1회, 사회통념상 적정한 금액의 건강검진비인지 확인한다. 고가 프리미엄 검진이나 배우자·자녀까지 포함한 가족 검진은 대표이사 근로소득으로 과세될 수 있다(출처: 국세청 https://www.nts.go.kr).
2. 2법인 명의(법인카드·법인계좌)로 결제 — 법인카드 또는 법인 계좌에서 직접 결제해야 복리후생비 손금 처리가 가능하다. 대표이사 개인 카드로 결제 후 법인에 청구하는 방식은 증빙 인정이 어렵다.
3. 3세금계산서·현금영수증 수취 및 5년 보관 — 검진기관에서 법인 사업자번호로 세금계산서 또는 현금영수증을 발급받아 5년간 보관한다. 법인세법 시행령 제158조에 따른 증빙 보관 의무가 적용된다.
4. 4원천세 신고 시 비과세 항목 구분 기재 — 급여명세서에 건강검진비를 비과세 근로소득으로 구분 기재하고, 원천징수이행상황신고서에 비과세 항목으로 포함해 신고한다(출처: 법제처 https://www.law.go.kr).

비과세·손금 처리를 위한 조건 3가지: (1) 연 1회, 사회통념상 적정한 금액 범위의 건강검진이어야 한다. 고가 프리미엄 건강검진이나 가족 동반 비용을 포함하면 대표이사의 근로소득으로 과세될 수 있다. (2) 반드시 법인 명의(법인카드·법인계좌)로 결제해야 한다. 대표이사가 개인 카드로 결제 후 청구하면 법인 비용으로 인정받기 어렵다. (3) 검진기관에서 세금계산서 또는 현금영수증을 수취하고 5년간 보관한다. 원천세 신고 시 급여명세서에 비과세 항목으로 구분 기재해야 한다. 지분 50% 초과 지배주주 대표이사도 건강검진은 비과세가 적용된다. 사택 무상 제공처럼 현물 지급 형태의 일부 항목은 지배주주에게 비과세가 제한되지만, 건강검진처럼 실비를 법인이 직접 지급하는 형태는 지배주주 여부와 무관하게 비과세가 유지된다. 법인 대표이사 복리후생비 절세 전략 전반은 /blog/one-person-corp-welfare-benefits-comprehensive-guide-2026 참고.