법인이 과세사업과 면세사업을 겸영할 때 사업자등록은 어떻게 하나요?

법인이 부가가치세 과세사업(소프트웨어 개발·제품 판매 등)과 면세사업(의료·교육·금융·농산물 판매 등)을 함께 운영하는 겸영사업자는 별도 사업자등록 없이 하나의 등록으로 처리할 수 있다. 부가가치세법 제8조에 따라 사업자등록 신청서에 과세·면세 업종을 모두 기재하고 겸영 여부를 표시하면 된다. 세금계산서는 과세공급분에만 발급하고(부가가치세법 제32조), 면세공급분에는 계산서를 발급해야 한다(법인세법 제121조). 과세·면세에 공통으로 사용되는 매입세액은 과세공급비율로 안분계산해 과세분만 공제한다(부가가치세법 제39조, 출처: https://law.go.kr). 사후에 겸영 업종이 추가될 경우 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서(또는 홈택스 hometax.go.kr)에 제출하면 된다. 출처: 법제처 https://law.go.kr 부가가치세법 제8조·제32조·제39조·법인세법 제121조.

1. 1사업자등록 신청 시 겸영 업종 기재 — 사업자등록 신청서의 업종란에 과세업종(예: 소프트웨어 개발)과 면세업종(예: 교육 서비스)을 모두 기재하고 '면세사업 겸영 여부'를 표시한다. 별도 사업자등록번호 없이 하나의 등록증으로 과세·면세 사업을 모두 운영할 수 있다(부가가치세법 제8조, 출처: https://law.go.kr).
2. 2세금계산서와 계산서 구분 발급 — 과세사업 매출에는 세금계산서를 발급하고(부가가치세법 제32조), 면세사업 매출에는 부가가치세가 없는 계산서를 발급해야 한다(법인세법 제121조). 과세 매출에 계산서를 발급하면 세금계산서 발급의무 위반이 되므로 거래 성격을 정확히 구분해야 한다.
3. 3공통매입세액 안분계산 — 사무용품·임차료 등 과세·면세 사업에 공통으로 사용되는 매입세액은 '과세공급가액 ÷ (과세공급가액 + 면세공급가액)'로 안분계산해 과세사업 귀속분만 공제한다(부가가치세법 제39조). 안분 없이 전액 공제하면 세무조사 시 과다공제분이 추징된다.
4. 4부가가치세 신고 시 공급가액 구분 기재 — 부가가치세 신고서에 과세분과 면세분 공급가액을 구분 기재하고, 면세사업 수입명세서도 함께 제출한다. 세무기장 단계에서 거래를 과세·면세로 명확히 분류해야 오류가 발생하지 않는다.
5. 5사후 겸영 추가 시 사업자등록 정정신고 — 운영 중 새로운 과세 또는 면세 업종을 추가할 경우, 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서(또는 홈택스 hometax.go.kr)에 제출해 업종을 추가한다. 정정신고 없이 겸영하면 무신고 업종으로 간주될 수 있다.