1인 법인 대표이사 주식 양도소득세 — 대주주 20~25%, 예정신고 반기 말일부터 2개월 이내

1인 법인 대표이사가 운영하는 회사를 매각할 때 선택지는 두 가지다. 하나는 주식을 양도하는 방식이고, 다른 하나는 사업 자산을 개별 양도하거나 포괄 양수도하는 방식이다. 주식 양도는 법인의 권리와 의무가 그대로 양수인에게 넘어간다는 점에서 간편하지만, 세금 처리는 사업 양수도와 완전히 다르다. 비상장주식 양도는 양도소득세 과세 대상이며, 1인 법인 대표이사는 대부분 지분 100%를 보유하고 있어 반드시 대주주로 분류된다. 대주주와 소액주주의 세율 차이는 최대 15%포인트이므로, 절차와 세금 계획을 미리 세우는 것이 중요하다. 코워크시티 법인설립지원센터가 2026년 11월 기준 법령을 기준으로 1인 법인 주식 양도의 모든 절차를 정리했다. 1인 법인 운영 전반에 대해서는 /one-person 가이드를 먼저 확인하면 도움이 된다.

소득세법 시행령 제157조는 비상장법인 주주 중 직전 사업연도 종료일 현재 지분율 4% 이상 또는 보유 주식 시가 합계 10억원 이상인 경우를 대주주로 정의한다. 1인 법인 대표이사는 보통 100% 지분을 보유하므로 지분율 4% 기준을 훨씬 초과한다. 보유 주식 시가가 10억원 미만이더라도 지분율 기준에 걸리므로, 1인 법인 대표이사는 사실상 예외 없이 대주주에 해당한다. 대주주가 아닌 소액주주는 중소기업 주식에 대해 10% 세율을 적용받는 반면, 대주주는 양도차익 3억원 이하 구간에 20%, 3억원을 초과하는 금액에 대해서는 25%를 적용받는다. 같은 중소기업 주식이라도 대주주는 소액주주보다 세율이 10%포인트 이상 높다는 점을 반드시 알아야 한다.

비상장주식 양도소득세는 양도차익에서 필요경비와 양도소득 기본공제를 뺀 과세표준에 세율을 곱해 계산한다. 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 양도 과정에서 발생한 비용(자문수수료, 중개수수료 등)을 뺀 금액이다. 소득세법 제103조에 따른 양도소득 기본공제는 연간 250만원이며, 주식 양도로 발생하는 양도소득에 적용된다. 예를 들어 취득가액 5,000만원인 법인 주식을 5억원에 양도한 경우 양도차익은 4억 5,000만원이다. 기본공제 250만원을 적용하면 과세표준은 4억 4,750만원이다. 이 중 3억원까지는 20%인 6,000만원, 3억원 초과 1억 4,750만원에는 25%인 3,687만 5,000원이 적용되어 총 양도소득세는 약 9,687만 5,000원이다. 여기에 지방소득세 10%인 968만 7,500원이 추가되어 최종 세부담은 약 1억 656만 2,500원이다. 세액이 크기 때문에 양도 전에 세무사와 사전 계획을 세우는 것이 필수다.

비상장주식의 거래가액은 시가 기준으로 정해야 한다. 세법상 시가는 불특정 다수 사이에 자유롭게 거래할 때 성립하는 가격을 말하며, 비상장주식은 시장에서 형성된 거래가 없는 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법으로 산정한다. 보충적 평가방법은 순손익가치(최근 3년 평균 순손익을 환원한 가치)와 순자산가치(자산총액에서 부채총액을 뺀 값을 주식 수로 나눈 가격)를 3대 2의 가중평균으로 계산한다. 주식을 시가보다 현저히 낮은 가격에 양도하면 그 차이가 양수인에게 증여된 것으로 보아 증여세가 과세될 수 있다. 반대로 시가보다 높게 팔면 양도인에게 양도소득이 늘어나 세금이 더 커진다. 가족이나 친인척에게 주식을 양도할 때는 특수관계인 거래 규정이 더 엄격하게 적용되므로 반드시 세무사를 통해 가치평가를 먼저 받아야 한다.

1인 법인 대표이사가 주식을 양도하려면 다음 5단계를 순서대로 밟아야 한다. 1단계로 세무사에게 의뢰해 비상장주식 가치평가를 받고 적정 거래가액을 확정한다. 2단계로 양도인·양수인·양도 주식 수·양도가액·대금 지급 일정·명의개서 완료 시기를 명시한 주식 매매계약서를 작성한다. 3단계로 계약에 따라 양도 대금을 수령하고, 상법 제337조에 따라 주주명부에 양수인의 성명과 주소를 기재해 명의개서를 완료한다. 명의개서는 회사에 대한 대항력 취득 요건이므로 반드시 완료해야 한다. 4단계로 양도일이 속한 반기의 말일부터 2개월 이내에 국세청 홈택스(hometax.go.kr)에서 양도소득세 예정신고를 하고 세액을 납부한다. 1월에서 6월 사이에 양도한 경우 그해 8월 31일까지, 7월에서 12월 사이에 양도한 경우 다음해 2월 말까지다. 5단계로 다음해 5월 1일부터 5월 31일 사이에 양도소득세 확정신고를 완료한다. 예정신고 시 납부한 세액은 기납부세액으로 공제된다.

첫째, 여러 해에 걸쳐 주식을 분산 양도하면 각 연도 양도차익이 줄어들어 3억원 초과 25% 고율 구간 적용을 피할 수 있다. 단, 양도 계획을 미리 계약서에 반영해야 하며 조세 회피 목적으로 판단되면 국세청이 부인할 수 있으므로 사전에 세무사와 협의해야 한다. 둘째, 취득 시 발생한 모든 비용을 필요경비로 처리해 과세표준을 줄여야 한다. 법인 설립 비용, 자본금 증자 관련 비용, 주식 취득과 직접 관련된 비용 등이 필요경비에 포함된다. 셋째, 가족에게 저가 양도해 증여세를 절감하려는 시도는 오히려 증여세 추징과 가산세 위험을 키운다. 세무조사에서 조세 회피로 판정되면 가산세와 함께 추징세액이 발생한다. 1인 법인 설립 비용이나 자본금 구조에 대한 추가 정보는 /cost에서 확인할 수 있다.

주식 양도와 사업 양수도는 세금 구조가 다르다. 주식 양도는 양도인에게 양도소득세(대주주 20~25%)가 과세되고, 양수인은 취득세나 부가세 없이 주식 대금만 지불하면 된다. 사업 양수도는 개별 자산 이전에 따른 취득세, 부가세, 경우에 따라 양도소득세까지 여러 세금이 발생한다. 인수자 입장에서는 주식 양도 시 법인에 존재하는 부채와 우발채무도 함께 인수해야 하므로 실사(due diligence)가 필수다. 법인에 중요한 계약, 허가, 인증이 많아 사업 연속성이 중요한 경우에는 주식 양도 방식이 유리하다. 반면 법인에 숨겨진 채무나 소송 위험이 있다면 사업 양수도 방식이 양수인 보호에 유리하다. 어느 방식이 세금 측면에서 유리한지는 양도인의 보유 주식 취득원가, 법인 순자산 규모, 양도인·양수인의 세금 상황에 따라 달라지므로 M&A 전문 세무사에게 사전 시뮬레이션을 받는 것이 현명하다. 법인설립 신청 절차에 대해서는 /apply에서 확인할 수 있다.