법인 특수관계인 거래 세금 완벽 가이드 2026 — 부당행위계산부인·시가 기준·세무조사 대비 5단계

법인 특수관계인 거래 세금의 핵심은 법인세법 제52조 '부당행위계산부인' 규정이다. 법인이 특수관계인과 시가보다 낮게 재산을 양도하거나 높게 매입하는 등 거래 조건을 통해 세금을 부당하게 줄인 경우, 국세청은 시가를 기준으로 법인 소득을 재계산해 차액을 추징한다. 시가와의 차이가 3% 이상이거나 300만 원 이상이면 부당행위로 판정된다(출처: 법인세법 제52조, law.go.kr).

특수관계인 범위는 법인세법 시행령 제2조에서 규정한다. 3가지 유형으로 나뉜다. 첫째, 임원·대주주 관계로 법인의 임원(사외이사 포함)·30% 이상 지분 보유자·최대주주가 해당된다. 둘째, 친족 관계로 대표이사·주요 주주의 배우자·직계존비속·6촌 이내 혈족·4촌 이내 인척이 포함된다. 셋째, 지배 법인 관계로 해당 법인을 50% 이상 지배하는 법인 또는 그 법인의 특수관계인이 설립한 법인이 해당된다.

법인 특수관계인 거래는 국세청 법인세 세무조사에서 가장 먼저 점검하는 항목이다. 2024년 기준 법인세 세무조사 추징 사유 중 부당행위계산부인 관련 항목이 차지하는 비중이 지속적으로 증가하고 있다. 법인 설립 초기부터 거래 구조를 투명하게 관리해야 예상치 못한 세금 추징을 피할 수 있다(출처: 국세청, nts.go.kr).

법인세법 시행령 제88조는 부당행위계산부인이 적용되는 유형을 열거한다. 실무에서 가장 자주 문제가 되는 4가지를 사례와 함께 정리한다.

유형 1 — 저가 양도: 법인이 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도하는 경우다. 예를 들어 시가 2억 원인 법인 소유 부동산을 대표이사 배우자에게 1억 5,000만 원에 매각하면, 차액 5,000만 원(25%)이 법인 익금으로 산입된다. 법인세 추징과 함께 배우자에게는 증여세가 별도 과세될 수 있다. 법인이 시가보다 낮게 양도할 때는 반드시 감정평가서를 먼저 확보해야 한다.

유형 2 — 고가 매입: 법인이 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 구입하는 경우다. 시가 3,000만 원인 개인 소유 차량을 법인이 5,000만 원에 구매하면 초과 지급액 2,000만 원이 손금 불산입된다. 특수관계인 개인에게는 기타소득 또는 근로소득으로 과세될 수 있다.

유형 3 — 무이자·저리 가지급금: 법인이 임원·주주·특수관계인에게 자금을 무이자 또는 적정 이자율 미만으로 대여하는 경우다. 현행 적정 이자율은 연 4.6%(법인세법 시행규칙 기준)다. 법인이 대표이사에게 1억 원을 1년간 무이자로 빌려주면 1억 원 × 4.6% = 460만 원이 법인 익금으로 산입된다. 임원 개인 계좌로 자금이 반복 이동하면 가지급금으로 분류돼 매년 이자를 인식해야 한다.

유형 4 — 저가 용역 공급: 법인이 특수관계인에게 용역을 시가보다 낮은 대가로 제공하는 경우다. 법인이 임원 자녀의 회사에 마케팅 용역을 시가 절반 가격으로 제공하면 차액이 익금 산입된다. 반대로 특수관계 법인으로부터 고가 용역을 제공받는 경우도 부당행위가 된다. 용역 거래 시에는 시장 단가 조사와 계약서 작성이 필수다.

부당행위계산부인에서 '시가'는 특수관계 없는 불특정 다수 간 거래에서 형성되는 정상 가격을 말한다. 자산 유형별로 산정 방법이 다르다.

방법 1 — 일반 재화·동산: 동종 유사 재화의 시장 거래가격이 우선이다. 동종 거래 사례가 없으면 원가 기준 또는 외부 감정 가액을 활용한다. 차량, 기계장치, 재고자산 등은 중고 시장 시세 또는 매입 원가 기준으로 산정한다.

방법 2 — 부동산: 감정평가법인 2곳의 평균 감정평가액이 시가로 인정된다. 감정평가액이 없을 경우 기준시가(공시지가·공동주택공시가격)를 사용한다. 국토교통부 실거래가를 참고하되 공시가격과 괴리가 클 때는 별도 감정평가를 선행하는 것이 안전하다.

방법 3 — 비상장주식: 보충적 평가방법을 적용한다. 비상장주식 1주당 가치는 (순손익가치 × 3 + 순자산가치 × 2) ÷ 5 공식으로 산정한다(상속세·증여세법 시행령 제54조 준용). 순손익가치는 최근 3년 평균 순손익을 자본환원율 10%로 나눈 금액이다. 투자 유치·주식 양수도·가족 증여 등 비상장주식 거래 전에는 반드시 이 계산을 선행해야 한다.

방법 4 — 금전 대여 이자율: 법인세법 시행규칙 제43조에 따라 가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율 중 선택한다. 2026년 기준 당좌대출이자율 적용 시 연 4.6%가 적정 이자율이다. 법인이 임원에게 대여 시 4.6% 이상의 이자를 수취하면 부당행위에 해당하지 않는다.

법인세 세무조사에서 특수관계인 거래는 최우선 검증 항목이다. 사전 대비가 없으면 추징세액과 가산세가 동시에 부과된다. 아래 5가지 항목을 미리 점검하라.

체크포인트 1 — 가지급금 잔액: 장부에 임원·주주·특수관계인 대여금이 잔액으로 남아 있으면 조사 즉시 이자 계산이 진행된다. 가지급금 1억 원 × 4.6% × 5년 = 2,300만 원이 익금으로 추가 산입될 수 있다. 가지급금은 매 사업연도 말 정리하거나 이자를 정상 수취하는 방식으로 관리해야 한다.

체크포인트 2 — 특수관계인 급여 적정성: 가족 임원·친족에게 지급하는 급여·상여금이 동종 업종·유사 경력자 시장 급여 수준과 크게 다르면 부당행위로 판정될 수 있다. 급여 수준은 이사회 결의로 정하고 직무기술서·근무일지 등 실제 근무 증빙을 보관해야 한다.

체크포인트 3 — 거래명세서 미제출: 법인세 신고 시 특수관계인 거래명세서를 제출하지 않으면 미제출 가산세(거래금액의 0.02%, 최대 1억 원 한도)가 부과된다. 규모가 작더라도 특수관계인 거래가 있으면 반드시 명세서를 첨부해야 한다.

체크포인트 4 — 법인 자산의 개인 사용: 법인 소유 차량·부동산·골프 회원권을 대표이사나 임원이 개인적으로 사용하면 업무 외 사용 비율만큼 손금이 불산입된다. 차량의 경우 업무사용비율을 운행일지로 증빙해야 하며 미보관 시 50% 손금 불산입이 기본 적용된다.

체크포인트 5 — 계열 법인 거래 가격: 대표이사가 설립한 다른 법인(자회사·관계회사)과의 매출·매입 거래 단가가 시가보다 현저히 낮거나 높으면 부당행위로 판정된다. 법인 간 거래는 용역 계약서·견적서·시장가격 조사 자료를 3년 이상 보관해야 한다.

특수관계인 거래를 완전히 차단할 수는 없다. 창업 초기에는 대표이사 가족과의 거래가 불가피한 경우도 있다. 핵심은 거래 전 시가 확인, 서류 완비, 이사회 결의, 신고 누락 방지 4가지를 체계적으로 관리하는 것이다.

절세 방법 1 — 시가 조사 선행: 모든 특수관계인 거래 전에 시가를 조사하고 근거 서류를 확보한다. 부동산은 인근 실거래가 조회 후 감정평가를 진행하고, 비상장주식은 보충적 평가방법으로 공정가치를 산출한다. 금전 대여는 연 4.6% 이상 이자를 반드시 수취한다.

절세 방법 2 — 이사회 결의(상법 제398조): 이사가 회사와 거래할 때는 이사회 승인을 받아야 한다. 이사회 결의 의사록과 거래 계약서를 세트로 보관하면 세무조사 시 정상 거래 증빙이 된다.

절세 방법 3 — 가지급금 조기 정리: 가지급금이 발생하면 회계연도 말 이전에 반환하거나 이자를 계산해 장부에 반영한다. 가지급금을 자본금 증자로 전환하거나 대표이사 급여에서 회수하는 방법도 활용된다. 가지급금을 방치하면 매년 이자 인식으로 세 부담이 누적된다.

절세 방법 4 — 특수관계인 거래명세서 성실 신고: 법인세 신고 시 모든 특수관계인 거래를 거래명세서에 기재해 제출한다. 성실 신고 법인은 세무조사 선정에서 상대적으로 제외될 가능성이 높다. 세무사와 매 분기 특수관계인 거래 현황을 점검하는 것이 권장된다. 세금 관련 심화 상담은 /qa 또는 /apply 페이지에서 제휴 세무사를 통해 확인할 수 있다.

2026년에는 특수관계인 거래에 대한 국세청 세무조사 강화 흐름이 지속되고 있다. 주요 동향 3가지를 정리한다.

동향 1 — 전자세금계산서 제출 의무 강화: 법인 간 특수관계인 거래에서도 전자세금계산서 발급 및 자료 제출 의무가 강화됐다. 특수관계인 매출·매입 거래에 현금 영수증이나 간이영수증만 사용하면 가산세 부과 위험이 높아졌다(출처: 국세청, nts.go.kr).

동향 2 — 가지급금 인정이자율 연 4.6% 유지: 당좌대출이자율을 기준으로 한 가지급금 인정이자율은 2026년에도 연 4.6%가 유지되고 있다. 법인이 임원에게 대여 시 반드시 4.6% 이상 이자를 수취해야 부당행위 위험을 피할 수 있다.

동향 3 — 국세청 빅데이터 이상 거래 자동 탐지: 국세청은 법인세·부가세·소득세 신고 데이터를 통합 분석해 특수관계인 거래 이상 징후를 자동 탐지하는 시스템을 운영하고 있다. 법인 자금 흐름 대비 임원 개인 소득이 지나치게 낮거나, 특수관계 법인과의 거래 가격이 업계 평균과 크게 차이 나는 경우 우선 조사 대상으로 분류된다. 법인 설립 후 특수관계인 거래 현황 관리는 /process 또는 /cost 페이지에서 추가 안내를 확인하라.