법인이 직원 연말정산에서 추가납부가 발생하면 급여에서 공제하는 방법은?

연말정산 추가납부(결정세액이 기납부세액을 초과)가 발생하면 소득세법 제137조에 따라 해당 과세기간의 마지막 급여 지급일(통상 2월)에 근로자 급여에서 원천징수해 납부해야 한다. 추가납부액이 10만 원을 초과하면 2~4월 3개월 분할징수도 가능하며, 근로자 별도 동의가 필요 없다(출처: 소득세법 제137조, https://www.law.go.kr). 추가납부 처리 3단계:

1. 12월 급여 지급 전 확정 — 연말정산 결과를 확정하고 추가납부액을 산출한다. 추가납부액이 10만 원을 초과하면 분할징수 여부를 결정한다.
2. 2급여명세서에 별도 기재 후 공제 — 2월 급여에서 '연말정산 추납세액'으로 명세서에 기재하고 공제한다. 분할징수 시에는 2·3·4월 급여에서 3등분해 각각 공제한다.
3. 3원천세 신고·납부 — 다음 달 10일(반기납부 소기업은 7월 10일·1월 10일)까지 홈택스에서 원천징수 이행상황신고서를 제출하고 납부한다.

근로기준법 제43조는 법령에 근거한 공제만 허용하므로 연말정산 추납 공제는 급여명세서에 반드시 항목으로 명기해야 한다. 추납을 이행하지 않으면 회사가 원천징수 납부지연가산세(국세기본법 제47조의4)를 부담하게 된다(출처: https://www.law.go.kr).