1인 법인 대표이사가 중간에 급여를 올리거나 내리는 것은 법적으로 가능하지만, 상법 제388조 주주총회 결의와 법인세법 시행령 제43조 손금 요건을 다시 충족하도록 임원 보수 변경 결의서를 작성하고 결의 범위 내에서 지급해야 손금으로 인정되며, 결의 없이 임의로 지급하면 초과분은 손금 부인되고 인정상여로 소득 처분된다

1인 법인을 운영하면서 대표이사 급여를 설립 때 정한 금액 그대로 몇 년 간 유지하는 사람은 많지 않다. 설립 첫해에는 매출이 적어 월 150만원으로 낮게 잡았다가 2년 차에 매출이 두 배로 늘어 월 400만원으로 올리고 싶어지는 경우가 흔하다. 반대로 특정 분기에 거래처 결제가 지연되거나 매출이 급락해 급여를 당분간 못 받거나 줄여야 하는 상황도 생긴다. 세 번째로는 대표이사가 다른 법인에 겸직하면서 본인 법인에서 받던 보수를 줄이거나 다른 법인에서 받는 보수와 균형을 맞추기 위해 재조정하는 사례도 있다.

2026년 10월 기준으로 보면 세 상황 모두 '중간에 바꿔도 되는가'라는 질문의 답은 '된다'이다. 다만 임원 보수를 다루는 상법 제388조와 법인세법 시행령 제43조가 요구하는 요건을 다시 충족해야 손금으로 인정되고 추후 세무조사에서 과다 보수·조세회피로 재분류되는 리스크를 피할 수 있다. 특히 1인 법인은 대표이사가 곧 1인 주주라 결의 절차가 사실상 자기 자신과의 결의처럼 보이지만, 세법상 요구되는 문서화 수준은 다수 주주 법인과 동일하다.

코워크시티 법인설립지원센터(k-incorp.org)는 비상주 사무실·법인설립·법인 등기 변경 상품만 제공하며 임원 보수 변경 결의서 작성·세무 처리·세무조사 대응은 제휴 법무사·제휴 세무법인이 각자 수행한다. 코워크시티는 변경등기 신청 접수·서류 전달·진행 관리까지만 담당한다.

법인이 임원에게 지급하는 보수를 법인세 손금으로 인정받으려면 법인세법 시행령 제43조와 상법 제388조가 요구하는 5가지 요건을 모두 충족해야 한다. 중간 변경도 이 5가지가 그대로 적용된다.

요건 1 — 정관·주주총회(이사회) 결의. 임원 보수는 정관에 금액을 특정하거나, 정관에 '주주총회에서 정한다'고만 두고 매 결산기 또는 변경 시점에 주주총회(이사회) 결의로 한도·지급 방법을 정해야 한다(상법 제388조). 1인 법인은 상법 제363조 제4항에 따라 1인 주주의 서면결의로 주주총회를 갈음할 수 있다. 결의 없이 지급한 보수는 손금 부인된다.

요건 2 — 지급 기준 사전 결정. 월별 또는 연간 지급액·지급 시기를 사전에 정하고 결의한다. 사후 성과를 보고 즉흥적으로 결정한 상여금은 손금 부인된다(법인세법 시행령 제43조 제2항). 중간 급여 변경도 '사후 소급 적용'이 아니라 '시행일 이후 지급분부터 적용'이어야 안전하다. 2026년 11월 1일부터 급여를 올리기로 결의했으면 11월 1일 이후 지급분부터 변경 금액이 반영된다.

요건 3 — 결의 범위 내 지급. 결의한 한도를 초과해 지급한 금액은 손금 부인된다. 미지급비용으로 계상하는 경우도 결의 범위를 초과하면 안 된다. 월 500만원으로 결의한 뒤 월 700만원을 미지급비용으로 계상하면 초과분 200만원은 손금 부인된다.

요건 4 — 과다 보수 아닐 것(시가 기준). 지배주주 등 임원에게 정당한 사유 없이 동일 직무 임직원 대비 과다하게 지급한 보수는 손금 부인된다(법인세법 시행령 제43조 제3항). 1인 법인 대표 보수는 '동종 업종·동일 매출 규모·동일 직무'를 기준으로 적정 수준을 산정한다. 매출 1억원 규모 1인 법인 대표가 월 보수 2,000만원을 결의하면 과다 보수로 재분류될 가능성이 높다. 중간에 급여를 올릴 때도 사업 성장·업무 범위 확대 등 합리적 사유가 뒷받침되어야 한다.

요건 5 — 실질 근로 제공. 명목상 보수 지급이 아닌 실제 업무를 수행해야 한다. 1인 법인 대표가 실제 업무를 하지 않고 급여만 받으면 손금 부인될 수 있다. 중간에 급여를 올렸는데 대표이사의 실제 업무 시간이나 업무 범위가 종전과 같다면 과다 보수 재분류 리스크가 커진다.

5가지 요건 중 하나라도 결여되면 변경한 급여도 손금 부인될 수 있다. 변경 전 결의서·근무 기록·사업 성장 자료를 분기별로 정리해 두는 것이 안전하다(출처: 법제처 law.go.kr 상법 제388조·법인세법 시행령 제43조).

1인 법인 대표이사 급여를 올릴 때 가장 흔한 사유는 매출 성장이다. 설립 첫해 매출 5,000만원일 때 월 150만원으로 결의했다가 2년 차 매출 1억 5,000만원으로 늘어 월 400만원으로 인상하는 경우가 전형적이다. 이런 상황에서 챙겨야 하는 5가지 체크 포인트를 정리한다.

체크 포인트 1 — 사유를 '전년 대비 매출 증가율'·'업무 범위 확대'·'근무 시간 증가' 중 어느 것으로 특정할지 결정한다. 매출 성장을 사유로 쓸 때는 전년 대비 매출 증가율을 결의서에 수치로 적는다(예: '전년 대비 매출 200% 증가로 대표이사 보수를 월 150만원에서 월 400만원으로 인상'). 업무 범위 확대를 사유로 쓸 때는 종전 담당 범위와 새로 추가된 범위를 명시한다(예: '종전 영업·회계 담당에 더해 2026년 10월부터 생산 관리·신규 지점 운영까지 담당').

체크 포인트 2 — 인상 폭이 합리적인 수준인지 점검한다. 월 150만원에서 월 400만원으로 2.7배 올리는 것은 매출 증가율에 비례하면 합리적일 수 있지만, 월 150만원에서 월 2,000만원으로 13배 올리는 것은 과다 보수로 재분류될 가능성이 높다. 동종 업종·동일 매출 규모 임원 보수 평균을 참고하거나 세무사와 사전 상담해 적정 수준을 산정한다.

체크 포인트 3 — 1인 주주 서면결의서를 작성한다. 결의서에는 변경 사유·변경 전 보수액·변경 후 보수액·시행일·지급 방법 5가지를 특정한다. 1인 주주의 서면결의는 상법 제363조 제4항에 따라 주주총회를 갈음할 수 있지만 결의서 원본을 10년 이상 보관해야 한다(상법 제33조).

체크 포인트 4 — 사업 성장을 입증할 수 있는 자료를 함께 보관한다. 전년 대비 매출 자료(부가가치세 신고서·세금계산서 합계표)·거래처 계약서·신규 사업부 조직도 등을 결의서 첨부자료로 보관하면 세무조사에서 과다 보수 재분류 리스크가 낮아진다.

체크 포인트 5 — 1인 법인이 흑자이고 결산 때 이익잉여금이 쌓여 있을 때 급여를 올려 법인세 과세표준을 낮추려는 '조세회피 목적 급여 인상'은 세무조사에서 자주 지적된다. 매출 성장·업무 범위 확대 등 합리적 사유 없이 결산 직전에 급여를 급격히 올리면 과다 보수 재분류 리스크가 커지므로 사유 문서화가 중요하다.

매출이 급락하거나 거래처 결제가 지연되어 1인 법인 대표이사가 급여를 당분간 못 받거나 줄여야 하는 상황이 생긴다. 이때 '그냥 지급을 멈추면 되지 않나'라고 생각하기 쉽지만, 상법 제388조와 법인세법 시행령 제43조가 요구하는 결의 절차를 거치지 않으면 사후 세무조사에서 가수금 재분류·인정상여 처분 리스크가 커진다.

먼저 '지급 포기'와 '지급 연기' 중 어느 쪽인지 결정한다. 지급 포기는 결의된 보수에 대한 청구권을 임원이 포기하는 것으로, 결의된 월 300만원 중 자금난이 지속되는 기간 동안의 보수를 포기한다는 결의가 필요하다. 이 경우 법인은 그 기간 동안의 보수를 손금에 산입하지 않는다. 지급 연기는 결의된 보수는 손익계산서에 비용으로 계상하되 현금 지급은 뒤로 미루는 것으로, 미지급비용으로 처리한다. 이 경우 지급 결의가 없어진 것이 아니므로 자금이 확보되는 시점에 소급해서 지급할 수 있다.

두 선택 중 어느 쪽을 결의하느냐에 따라 세무 처리가 완전히 달라진다. 지급 포기를 결의했으면 포기한 보수는 손금 산입되지 않고 소득 처분도 발생하지 않는다. 지급 연기를 결의했으면 미지급비용으로 계상한 보수는 손금 산입되고(법인세법 시행령 제43조 요건 충족 시) 대표이사 입장에서는 소득세법상 급여를 지급받은 것으로 보지만 실제 지급 시점이 뒤로 미뤄진다.

결의 없이 임의로 지급을 끊으면 사후 세무조사에서 '지급 포기였는지 지급 연기였는지'가 쟁점이 되고 가수금 재분류·인정상여 처분 리스크가 커진다. 2026년 10월 기준으로 세무조사에서 가장 자주 지적되는 패턴 중 하나가 '결의된 보수는 그대로인데 통장에서 지급 흔적이 없다'인데, 이 경우 가수금(임원이 법인에 빌려준 돈)으로 재분류되고 가지급금 인정이자(법인세법 시행령 제89조·당좌대출이자율 2026년 연 4.6%)가 역산되어 추징될 수 있다.

삭감 결의서에는 ① 삭감 사유(매출 감소율·거래처 결제 지연 기간 등), ② 삭감 폭(월 300만원 → 월 200만원), ③ 삭감 시행일, ④ 재검토 시점(예: '2027년 1분기 매출을 재검토해 복원 여부 결정'), ⑤ 지급 포기·지급 연기 중 어느 쪽인지 명시한다. 재검토 시점을 명시해 두면 자금이 확보되는 시점에 다시 결의서를 작성해 급여를 복원할 수 있어 운영이 유연해진다.

1인 법인 대표이사 급여 변경과 관련해 세무조사에서 자주 지적되는 함정 5가지를 정리한다.

함정 1 — 결의서 없이 그냥 올림. '1인 주주니까 결의서가 필요 없다'고 생각해 결의서 없이 급여를 올리거나 내리는 경우가 가장 흔한 실수다. 상법 제363조 제4항은 1인 주주의 서면결의를 허용하지만 '서면결의서' 자체는 반드시 작성해야 한다. 결의서가 없으면 변경 자체가 효력이 없고 변경한 급여는 손금 부인된다. 결의서는 PDF 파일로 보관하지 말고 서면 원본에 서명·날인해 서류함에 보관한다.

함정 2 — 결산 직전에 급여를 급격히 올림. 사업연도 종료 1~2개월 전 급여를 2~3배로 급격히 올리는 '결산 직전 급여 인상'은 세무조사에서 '법인세 과세표준을 낮추려는 조세회피 목적'으로 지적된다. 매출 성장·업무 범위 확대 등 합리적 사유가 없으면 과다 보수로 재분류될 수 있다. 급여 변경은 결산 종료 2~3개월 전까지 완료하거나 사업연도 초반에 결의하는 것이 안전하다.

함정 3 — 결의 범위를 초과한 상여금 지급. 월 500만원으로 결의한 뒤 성과 상여금 명목으로 월 1,000만원을 추가 지급하는 경우, 상여금에 대한 사전 결의가 없으면 사후 지급 상여금은 손금 부인된다(법인세법 시행령 제43조 제2항). 상여금을 지급하려면 '매출 X억 달성 시 월 보수의 100% 상여' 등 지급 기준을 사전에 결의서에 특정해야 한다.

함정 4 — 미지급비용 계상 후 가수금으로 재분류. 결의된 보수를 지급하지 못하고 미지급비용으로 계상한 뒤 자금이 확보되는 시점에 지급하면 안전하나, 미지급비용을 몇 년 간 계속 쌓아 두면서 지급하지 않으면 세무조사에서 가수금으로 재분류될 수 있다. 미지급비용이 2~3년 이상 지속되면 '실질적으로 지급 포기'로 간주될 가능성이 높아지므로 연 1회 세무사와 함께 미지급비용 처리 방향(지급·탕감·재조정)을 결정한다.

함정 5 — 4대보험 신고 지연. 보수월액이 바뀌면 변경일부터 14일 이내 4대사회보험 정보연계센터(4insure.or.kr)로 보수월액 변경 신고를 해야 한다. 신고가 늦으면 공단이 사후 소급 보험료를 추징하고 지연 가산금이 추가된다. 급여를 올렸는데 변경 신고를 하지 않으면 추후 공단 조사에서 과거 보험료 소급분이 한꺼번에 부과되어 자금 부담이 커진다.

1인 법인 대표이사 급여 변경이 어떻게 안전하게 또는 위험하게 처리되는지 사례 3가지로 정리한다. 사례는 실제 고객 발언이 아니라 세무조사 쟁점을 설명하기 위한 이용 사례 예시다.

사례 1 — 성공 패턴(매출 성장에 맞춘 단계적 인상). A 1인 법인은 설립 1년차에 매출 6,000만원·월 보수 200만원으로 결의했다가 2년차 매출 1억 2,000만원 달성 후 1인 주주 서면결의서를 작성해 월 보수를 월 350만원으로 올렸다. 결의서에는 '전년 대비 매출 100% 증가·대표이사가 신규 거래처 영업 담당 추가'를 사유로 명시했고 매출 자료(부가가치세 신고서)와 거래처 계약서 사본을 결의서 첨부자료로 보관했다. 4대보험 보수월액 변경 신고는 결의 다음 날 4insure.or.kr에서 완료했다. 사후 세무조사에서 과다 보수 재분류 지적 없이 손금 산입 유지.

사례 2 — 실패 패턴(결산 직전 급격 인상). B 1인 법인은 설립 2년차 매출 1억 5,000만원으로 월 보수 300만원을 유지하다가 사업연도 종료 1개월 전(2026년 11월)에 월 보수를 1,500만원으로 5배 올렸다. 결의서는 작성했으나 사유를 '대표이사 업무 범위 확대'로 모호하게 적었고 매출 증가율·업무 범위 변화를 입증할 자료는 보관하지 않았다. 2027년 세무조사에서 '결산 직전 급여 급격 인상·사유 입증 자료 부족'으로 과다 보수 재분류 지적을 받아 월 1,500만원 중 월 500만원 초과분은 손금 부인되고 대표이사 개인에게 인정상여로 소득 처분되어 소득세·4대보험이 소급 추징됐다.

사례 3 — 실패 패턴(결의 없이 지급 중단). C 1인 법인은 설립 1년차에 매출이 급락하자 월 보수 400만원을 그대로 유지한다는 결의서를 바꾸지 않고 그냥 지급을 멈췄다. 2년간 급여를 지급하지 않다가 자금이 확보된 뒤 그동안 밀린 보수를 한꺼번에 지급했다. 2027년 세무조사에서 '결의된 보수와 실제 지급 금액이 불일치·결의 변경 서류 없음'으로 지적받아 2년간의 미지급 보수가 가수금으로 재분류되고 가지급금 인정이자(연 4.6%)가 역산되어 추징됐다. '지급 포기'인지 '지급 연기'인지 명확히 결의하지 않은 것이 문제였다.

1인 법인 대표이사 급여를 중간에 변경할 때 챙겨야 하는 체크리스트 7가지다.

1. 변경 사유를 전년 대비 매출 증가율·업무 범위 확대·자금난 기간 등 구체 수치·내용으로 특정했는가.

2. 1인 주주 서면결의서를 작성하고 변경 전 보수액·변경 후 보수액·시행일·지급 방법·결의 주체 5가지를 모두 명시했는가.

3. 결의서 원본에 서명·날인하고 서류함에 10년 이상 보관하도록 보존 계획을 세웠는가(상법 제33조).

4. 사업 성장·업무 범위 확대 입증 자료(부가가치세 신고서·세금계산서·거래처 계약서·조직도)를 결의서 첨부자료로 함께 보관했는가.

5. 결의한 한도 내에서 지급하고 있는지 매월 급여대장과 결의서를 대조해 확인하는 체계를 만들었는가.

6. 4대보험 보수월액 변경 신고를 변경일부터 14일 이내 4대사회보험 정보연계센터(4insure.or.kr)로 제출했는가.

7. 원천세 신고·연말정산·종합소득세 신고에 변경 금액이 반영되는지 세무사와 함께 분기별로 점검하는가.

7가지 체크리스트 중 하나라도 빠지면 추후 세무조사에서 쟁점이 될 수 있다. 특히 체크리스트 1·2·4는 결의서 작성 시점에 챙기지 않으면 사후에 보완하기 어려워 중요도가 높다. 체크리스트 5~7은 급여 변경 이후 운영 단계에서 지속 모니터링해야 하는 항목이다.

본 가이드와 함께 읽으면 1인 법인 대표이사 급여·보수 설계를 더 깊이 이해할 수 있다.

[급여·보수 설계]
· 1인 법인 대표 급여, 얼마로 설정해야 할까? →
· 1인 법인 대표이사 비과세 근로소득 가이드 2026 →
· 1인 법인 대표이사 미지급 급여 처리 가이드 →

[세무·세무조사]
· 1인 법인 대표이사 세무조사 대응 가이드 2026 →
· 1인 법인 대표이사 소득금액변동통지 대응 Trouble 5단계 →

[자금 흐름]
· 1인 법인 대표이사 가수금 처리 가이드 →
· 1인 법인 대표이사 중간배당 가이드 2026 →

→ 1인 법인 운영 전반 종합 가이드는 1인 법인 종합 가이드 2026 →에서 확인할 수 있다.

코워크시티 법인설립지원센터(k-incorp.org)는 비상주 사무실·법인설립·법인 등기 변경 상품만 제공하며 임원 보수 변경 결의서 작성·세무 신고·세무조사 대응은 제휴 법무사·제휴 세무법인이 각자 수행한다. 변경등기(임원·대표자·주소·목적 등)가 필요한 경우에만 코워크시티가 신청 접수·서류 전달·진행 관리를 담당한다(출처: 법제처 law.go.kr 상법 제363조·제388조·법인세법 시행령 제43조·제89조·시행규칙 제43조·국민건강보험법·국민연금법·고용보험법 제2조).