1인 법인 대표가 개인 명의 특허·상표권을 법인에 넘기려면 매매·현물출자·전용실시권 설정 중 하나를 골라 계약을 체결한 뒤 특허청에 등록명의인 변경을 신청하고, 양도자(대표)는 기타소득 또는 사업소득으로 신고하며 법인은 자산으로 계상한다

1인 법인을 만들기 전부터 대표가 개인 명의로 특허·상표를 출원해 둔 경우가 꽤 많다. 법인설립 후에도 그대로 두면 세 가지 불편이 쌓인다.

첫째, 법인이 그 지식재산권을 쓸 때 '사용료'를 매년 대표 개인에게 지급해야 한다. 대표에게는 종합소득세와 건강보험료가 붙고, 법인 입장에서는 로열티 지급 근거가 되는 실시권 계약서가 매번 필요하다.

둘째, 외부 투자 유치나 M&A 때 지식재산권이 법인 자산이 아니라 '대표 개인 자산'으로 분류돼, 투자자가 법인 가치평가(Valuation) 과정에서 상당한 감점을 주거나 양도를 조건으로 요구하는 사례가 흔하다.

셋째, 대표가 사망하거나 지분을 양도할 때 지식재산권이 법인 지배와 분리돼 상속·분쟁의 불씨가 된다. 1인 법인 대표의 상속 설계는 1인 법인 대표이사 사망 시 후임 선임 절차 →에서 다룬다.

이런 이유로 많은 1인 법인이 설립 후 1~2년 안에 개인 명의 지식재산권을 법인으로 정리한다. 다만 특수관계인 거래이기 때문에 '그냥 넘기면 되지'로 처리하면 세무조사에서 뒤집어질 수 있다. 2026년 10월 기준으로 쓸 수 있는 방법은 매매·현물출자·전용실시권 설정 세 가지이고, 각각 세금과 절차가 다르다.

방법 1 — 매매(양도). 대표가 법인에 지식재산권을 팔고 법인이 대금을 지급한다. 가장 단순하다. 대표에게는 양도 대가의 40%(기타소득 과세표준)만 종합소득에 합산되므로 세부담이 가볍다. 법인은 지식재산권을 자산으로 계상해 내용연수에 따라 감가상각해 매년 손금으로 처리한다. 자금이 법인에서 대표로 나가는 구조라 법인 유동성에 영향이 있고, 대표가 현금을 받으면서 가지급금·가수금 흐름을 깔끔하게 할 수 있다.

방법 2 — 현물출자. 자본금 납입 대신 지식재산권을 넘기고 신주를 발행받는다. 자금 유출이 없다는 게 장점이다. 상법상 검사인 조사(발기인이 조사 또는 공인된 감정인 평가) 절차가 필요한 경우가 있어 법인설립 시점에 함께 처리하는 편이 간단하다. 법인설립 후에 추가로 하려면 유상증자 결의, 감정평가, 변경등기까지 거쳐야 하고 공과금(자본증가분 ×0.4% 또는 수도권 과밀억제권역 1.2%, 최저 11만 2,500원·과밀 33만 7,500원)과 변리사·감정평가 수수료가 더해진다.

방법 3 — 전용실시권 설정. 소유권은 대표가 유지한 채 법인이 '전용실시권'을 등록받아 사용한다. 법인은 매년 로열티(통상 매출의 2~7% 수준으로 계약마다 다르다)를 대표에게 지급하고 손금 처리한다. 대표는 매년 사업소득으로 종합소득세를 낸다. 양도가 아니므로 대표 입장에서는 자본차익이 아니라 반복 소득이 되어 세율이 올라갈 수 있고, 건강보험료가 매년 늘어난다. 외부 투자 유치나 M&A 때 '지식재산권이 법인 자산이 아니다'는 문제가 그대로 남아, 임시 조치로는 쓰이지만 장기 보유 구조로는 매매·현물출자보다 불리하다는 평가가 많다.

특수관계인 거래이므로 양도 가액은 '시가'와 크게 벗어나면 안 된다. 시가가 모호한 지식재산권일수록 세 가지 방법 중 하나는 거쳐 근거를 남긴다.

하나, 거래 사례법. 유사한 특허·상표권의 공개된 거래 사례(M&A, 특허청 공개 거래, 법원 감정 사례)를 참고한다. 유사도가 낮은 사례를 끌어오면 세무조사에서 반박당하기 쉽다.

둘, 수익접근법(DCF). 해당 지식재산권으로 벌어들일 수 있는 미래 수익을 할인율로 환산해 현재가치를 구한다. 산출 가정(매출 성장률·할인율·내용연수)이 자료에 남아 있어야 한다.

셋, 외부 감정평가. 발명진흥법에 따른 공인 평가기관(한국발명진흥회·기술보증기금)이나 감정평가법인에 의뢰한다. 간이 평가는 100만~300만원, 정식 감정은 500만~2,000만원 수준이다. 양도 가액이 1,000만원을 넘고 외부 투자 유치 계획이 있으면 정식 감정 보고서를 받아 두는 편이 안전하다.

양도 가액이 시가에서 10% 이상 벗어나면 법인세법 제52조에 따라 법인 소득이 조정되고, 그 차액이 대표 상여로 처분돼 근로소득세가 추가로 매겨질 수 있다. 평가 결과를 '사후 보완'하기는 어렵기 때문에 양도 계약 체결 전에 평가를 받아 두는 순서를 지킨다.

소득세법 제21조는 '권리의 양도·대여료'를 기타소득으로 분류한다. 1회성 양도는 기타소득으로 보면 되고, 반복적·직업적으로 지식재산권을 양도하는 사람(예: 발명가·브로커)이면 사업소득이 된다. 1인 법인 대표가 자신의 특허 1~2건을 자기 법인에 넘기는 사례는 보통 기타소득으로 신고한다.

기타소득의 유리한 점은 필요경비 60%를 일괄 공제받는다는 데 있다. 양도 대가가 1억원이면 과세표준은 4,000만원만 종합소득에 합산된다. 다른 소득(근로·사업)과 합산해 누진세율(6~45%)이 적용되므로 대표의 다른 소득이 많으면 분리과세와의 유불리를 따로 계산해야 한다. 기타소득 금액이 연 300만원 이하이면 분리과세(원천징수 22%)로 종결할 수 있다.

전용실시권으로 매년 로열티를 받으면 '반복적 사용료 수령'이므로 사업소득으로 종합과세된다. 로열티가 연 2,000만원을 넘으면 건강보험 보수 외 소득 추가 과세(2026년 7.19%)가 붙어 실질 부담이 커진다. 소득 구분과 신고 방식은 세무사·공인회계사와 함께 설계한다.

부가가치세는 양도자가 사업자등록이 없는 개인의 1회성 양도이면 과세 대상이 아닌 것으로 본다. 반복적 양도이거나 사업자등록이 있는 개인이면 지식재산권 양도도 재화의 공급으로 보아 부가세 10%가 과세될 수 있어 사전에 세무사 확인이 필요하다.

양도계약서에 서명하고 돈이 오가도 특허청에 이전 등록을 하지 않으면 효력이 생기지 않는다. 특허법상 특허권의 이전은 등록해야 효력이 발생한다. 상표권·실용신안권도 같다. 등록 전까지는 법인이 그 특허·상표를 자산으로 올려 두어도 제3자가 '그건 아직 대표 개인 소유'라고 주장할 수 있다.

신청은 특허청 전자출원 시스템(KIPOnet)에서 한다. 변리사가 대리하거나 당사자가 직접 할 수 있다. 2026년 10월 기준 수수료는 특허권 이전 등록 1건당 1만 3,000원, 상표권 이전 등록 1건당 1만 3,000원, 전용실시권 설정 등록 1건당 1만 3,000원 수준이며, 특허청 수수료 고시가 바뀔 수 있어 신청 시점에 특허청 홈페이지에서 최신 금액을 재확인한다.

제출 서류는 양도계약서 사본, 양도인·양수인 인감증명서(또는 전자서명), 법인등기부등본, 특허·상표 등록원부다. 서류가 미비하면 보정 요구가 올 수 있다. 심사 기간은 평균 2~4주, 변리사 대리 수수료는 건당 15만~40만원 선이다. 공동 소유 특허라면 공유자 전원의 동의서가 추가로 필요하다.

실수 하나, 계약서만 쓰고 특허청 등록 변경을 미룬다. 몇 년 뒤 투자 유치나 M&A 실사에서 '법인 자산이 아니다'로 지적받고 급하게 처리하다 세무상 가액 다툼이 생긴다.

실수 둘, 시가 평가 없이 '적당한 금액'으로 양도한다. 세무조사에서 시가 근거를 요구받으면 사후 보완이 어렵다. 양도 전에 평가 보고서나 유사 거래 자료를 반드시 남긴다.

실수 셋, 1인 법인 대표가 자기거래 승인 절차를 빠뜨린다. 상법상 자기거래이므로 이사회(또는 소규모 회사의 각 이사·주주총회) 승인 결의서가 필요하다. 승인 서류가 없으면 거래 효력에 다툼이 생길 수 있다.

실수 넷, 전용실시권으로만 두고 영구히 끌고 간다. 임시 조치로는 괜찮지만 외부 투자나 M&A가 가까워지면 법인 자산 편입을 요구받을 가능성이 크다.

실수 다섯, 양도 후 세무 신고를 깜빡한다. 기타소득은 양도 다음 해 5월 종합소득세 신고에 포함해야 한다. 미신고 시 가산세(무신고 20%·납부지연 1일 10만분의 22, 2026년 기준)가 붙는다.

체크리스트 일곱 가지. 하나, 양도 방법(매매·현물출자·전용실시권) 중 상황에 맞는 것을 골랐는가. 둘, 시가 근거(거래 사례·수익접근·감정평가) 자료를 양도 전에 확보했는가. 셋, 양도계약서에 권리의 특정, 가액, 지급 방식, 선행 라이선스 유무를 명시했는가. 넷, 상법상 자기거래 승인 결의서를 작성했는가. 다섯, 특허청 등록명의인 변경 또는 전용실시권 등록 신청을 접수했는가. 여섯, 법인 장부에 무형자산으로 계상하고 내용연수에 따른 감가상각 계획을 세웠는가. 일곱, 양도자(대표)의 종합소득세 신고 일정을 세무사와 공유했는가.

양도 방법 선택과 세무 신고는 변리사·세무사·공인회계사가 각자 수행하고, 코워크시티 법인설립지원센터는 비상주 사무실·법인설립·법인 등기 변경(제휴 법무사가 진행) 상품만 제공한다. 설립 초기부터 세무 관리와 지식재산권 정리를 함께 설계하려면 법인설립 절차 →와 1인 법인 소규모회사 특례 가이드 →를 참고한다(출처: 법제처 law.go.kr).